内在无序区域结合残基预测方法的比较评估与性能剖析

本研究针对内在无序区域（IDR）结合残基预测方法缺乏系统评估的问题，由国际研究团队开发了新型基准数据集，首次完成了对14种预测工具在区分结合残基与非结合残基、配体类型特异性（蛋白-蛋白/蛋白-核酸）等方面的综合测试。结果表明现有方法对结合IDR的预测精度有限，但筛选出部分有效工具，为精准识别无序区互作位点提供关键技术支持。

　　

研究人员对内在无序区域（Intrinsically Disordered Regions, IDRs）的结合残基预测方法进行了开创性比较评估。尽管已有数十种预测IDR与蛋白质/核酸相互作用的工具，但其训练和评估均基于IDR水平的结合注释，而结构训练方法可提供更精细的氨基酸（Amino Acid, AA）结合位点预测。本研究构建了新型基准数据集，首次系统评估了14种代表性方法在数百个低相似性测试蛋白上的表现，重点挑战在于区分结合残基与其他无序氨基酸，并分析配体类型特异性（蛋白-蛋白互作 vs. 蛋白-核酸互作）。结果显示当前方法难以准确预测无序区中的结合IDR，但部分优于随机水平的工具对结合残基的预测显著优于IDR水平。研究筛选出相对准确的蛋白质结合和核酸结合无序残基预测工具，并发现多数方法存在配体类型交叉预测问题——仅两种核酸结合IDR预测器和两种蛋白结合IDR预测器具备特异性。文末探讨了未来发展方向，包括提升结合残基预测精度、减少交叉预测及扩展配体类型覆盖范围。