丙型肝炎病毒基因5型遗传多样性新发现：首报推定亚型5b及编码完整基因组序列

来自加拿大的研究人员针对HCV基因5型遗传多样性有限的问题，开展了基因组测序研究，成功获得两个变异株（包括推定亚型5b）的编码完整基因组序列，证实了该基因型存在更高遗传复杂性，对病毒分型与溯源具有重要意义。

　　

丙型肝炎病毒(HCV)作为黄病毒科(Flaviviridae)肝炎病毒属(Hepacivirus)成员，是肝病领域的重要病原体。病毒基因组测序对理解病毒进化、分类、分子流行病学及治疗应答至关重要。目前HCV存在8个基因型和超过100个亚型，其中基因5型长期以来被认为遗传多样性较低，仅有一个公认亚型（5a）。

本研究通过对加拿大魁北克地区患者样本进行测序分析，发现了四个不属于5a亚型的基因5型变异株：QC510、QC439、QC757和QC1137。研究人员采用高通量测序技术，提取血浆病毒RNA后经反转录生成cDNA，使用Illumina HiSeq 2000平台进行双端测序，并通过生物信息学方法进行序列组装与验证。

研究成功获得了QC510和QC757两个毒株的编码完整基因组序列。它们的开放阅读框长达9,048个碱基，包含终止密码子，5′非翻译区(UTR)分别为340和341个碱基，3′UTR完整直至多聚(U/UC)区段。全基因组G+C含量为57%，平均测序深度约250×。

系统进化分析显示，这两个毒株均属于基因5型，但与5a亚型参考株存在显著差异：QC757与5a序列核苷酸差异达23%–24%，QC510为16%–18%。经重组检测程序(RDP4)分析未发现重组事件。根据国际病毒分类委员会(ICTV)标准，QC757、QC439和QC1133可归类为推定新亚型5b，而QC510和历史上报告的BF16毒株暂未明确亚型归属。

该研究首次揭示了HCV基因5型存在更复杂的遗传多样性，为HCV的进化历史、传播轨迹和亚型分类提供了关键数据，对临床诊断、流行病学监测和个性化治疗具有重要价值。

研究由魁北克公共卫生实验室、加拿大国家公共卫生研究院及基因组研究与发展计划(GRDI)共同支持完成，所有实验均遵循《赫尔辛基宣言》伦理准则。