基于DNA条形码技术的印尼亚齐省Singkil泥炭沼泽鱼类遗传多样性及系统发育研究

本文推荐一篇运用DNA条形码（COI）技术对印尼Singkil泥炭沼泽鱼类资源进行分子鉴定的研究。该研究成功获取123条序列，鉴定出34种鱼类，揭示其遗传多样性及种间关系，为受威胁湿地生态系统的鱼类资源保护与可持续管理提供关键科学依据。

　　

Section snippets

Study area and sampling

本研究于2024年4月至12月进行，采样区域覆盖Singkil泥炭沼泽的南亚齐县、亚齐Singkil县及Subulussalam市（图1）。共设13个采样点，采用多种渔具（如刺网、钓竿、陷阱和抛网）进行鱼类采集，具体渔具选择依当地条件和目标物种而定。

Results

成功获得123条平均长度为639 bp的序列。经BLAST分析验证，Singkil泥炭沼泽共存在34种鱼类，包括2种双边鱼（Ambassis）、2种鰺（Caranx）、2种鳢（Channa）、2种胡鲶（Clarias）、2种鲾（Leiognathus），以及以下独立物种：攀鲈（Anabas testudineus）、双色鳗鲡（Anguilla bicolor）、黑首鳠（Mystus nigriceps）、尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）、布氏须鳎（Paraplagusia blochii）、班克斯魮（Barbodes banksi）、须鳃鲃（Cyclocheilichthys apogon）、纹唇鱼（Osteochilus vittatus）、小鳞波鱼（Rasbora microlepis）、小口似鲃（Puntius brevis）、印度野鲮（Labeo rohita）、弓背鱼（Notopterus notopterus）、小鳍鲶（Pangasius micronemus）、眶棘双边鱼（Ambassis gymnocephalus）、大棘双边鱼（Ambassis macracanthus）、娜拉双边鱼（Ambassis nalua）、黑斑鲾（Leiognathus daura）、短吻鲾（Leiognathus brevirostris）、印度鰺（Caranx tille）、金带细鲹（Selaroides leptolepis）、眼斑鳢（Channa marulius）、线鳢（Channa striata）、博打胡鲶（Clarias batrachus）、利奥胡鲶（Clarias leoi）、射水鱼（Toxotes jaculatrix）、小鳞沟鰕虎（Oxyurichthys microlepis）、须歧须钓（Synodontis membranacea）、大口汤鲤（Pterocascio chrysozona）、杂食豆齿鳗（Pisodonophis boro）、丝鳍塘鳢（Taenioides cirratus）和条斑副绯鲤（Parupeneus barberinus）。

Discussion

本研究通过COI基因分子分析，成功验证了Singkil泥炭沼泽水域的34种鱼类，分属23科29属。验证的科包括双边鱼科（Ambassidae）、攀鲈科（Anabantidae）、鳗鲡科（Anguillidae）、鲿科（Bagridae）、鰺科（Carangidae）、鳢科（Channidae）、丽鱼科（Cichlidae）、胡鲶科（Clariidae）、舌鳎科（Cynoglossidae）、鲤科（Cyprinidae）、鲴科（Danionidae）、鰕虎科（Gobiidae）、石鲈科（Haemulidae）、野鲮科（Labeonidae）、遮目鱼科（Chanidae）、虾鳉科（Zenarchopteridae）、背鳍鱼科（Notopteridae）、巨鲶科（Pangasiidae）、钩鲶科（Synodontidae）、汤鲤科（Pterocascioidae）、合鳃鱼科（Synbranchidae）、射水鱼科（Toxotidae）和乌鳢科（Channidae）。研究结果与Razi等人（2023）基于形态学鉴定的报告基本一致，但分子方法进一步澄清了某些形态相似物种的分类地位，例如区分了Ambassis macracanthus与A. nalua，并确认了Clarias leoi的存在。单倍型多样性分析显示，C. apogon拥有最高的多样性（6个单倍型），而C. tille、O. niloticus和T. cirratus则各仅有一个单倍型，提示其种群遗传多样性较低或样本数量有限。种内平均遗传距离为0.6%，而种间平均遗传距离为23.97%，符合DNA条形码标准。最小的遗传距离（4.04%）存在于A. macracanthus与A. nalua之间，表明它们亲缘关系很近；最大的遗传距离（31.62%）则出现在M. nigriceps与T. jaculatrix之间，反映了它们属级甚至科级的远缘关系。本研究首次提供了该地区鱼类的分子基线数据，对正遭受 deforestation 和油棕种植园扩张威胁的Singkil泥炭沼泽生态系统的保护规划和可持续渔业管理至关重要。

Conclusion

总之，本研究获得123条平均长度639 bp的序列，生成88个单倍型，分属34种、23科和29属。C. apogon的单倍型多样性最高，而C. tille、O. niloticus和T. cirratus的单倍型多样性最低。种内平均遗传距离为0.6%，种间平均为23.97%。此外，最近的遗传距离存在于A. macracanthus和A. nalua之间，而M. nigriceps和T. jaculatrix之间的遗传距离最大。