无细胞DNA作为腺样囊性癌治疗无效性的补充标志物：一项基于液体活检的探索性研究

本研究针对腺样囊性癌（ACC）缺乏FDA批准疗法且影像学评估存在局限性的临床困境，开发了低深度全基因组测序（lpWGS）和靶向测序两种ctDNA检测技术。研究发现lpWGS在47%患者中检测到ctDNA，其存在与较短无进展生存期（PFS）和较高疾病进展概率存在相关性，为ACC治疗无效性评估提供了新型分子标志物。

　　

腺样囊性癌（Adenoid Cystic Carcinoma, ACC）是一种罕见但具有侵袭性的唾液腺恶性肿瘤，常发生于头颈部区域。这种疾病的进展通常缓慢，但具有晚期复发和远处转移的特征，给临床治疗带来巨大挑战。目前美国食品药品监督管理局（FDA）尚未批准任何专门针对ACC的疗法，这使得晚期患者主要依赖临床试验中的实验性药物。在评估这些新药疗效时，医生通常依赖CT、MRI或PET等影像学检查来监测肿瘤负荷和疾病进展。然而，ACC的独特生物学特性——如生长缓慢、形态学特殊和解剖位置复杂——使得传统影像学手段往往低估真实肿瘤负荷，或因分辨率限制而无法准确评估治疗反应。这种评估困境可能导致治疗决策的延误，使患者暴露于无效治疗的不必要风险中。

正是在这样的临床背景下，液体活检技术——特别是循环肿瘤DNA（ctDNA）检测——展现出巨大潜力。ctDNA是指肿瘤细胞释放到血液中的DNA片段，能够反映肿瘤的基因组特征和负荷。与组织活检相比，液体活检具有非侵入性、可重复性强和实时监测等优势，已在多种癌症的诊断、预后判断和治疗反应监测中证明其价值。然而在ACC领域，ctDNA的应用价值尚未得到充分探索。

为此，研究团队在《Oral Oncology》上发表了一项开创性研究，旨在评估ctDNA作为ACC治疗无效性补充标志物的临床效用。研究人员利用来自15名晚期ACC患者的47份血液样本，这些患者均参加了一项评估全反式维甲酸（ATRA）疗效的II期临床试验。团队开发了两种独立的ctDNA检测方法：一种是不依赖先验基因组知识的低深度全基因组测序（lpWGS）方法，另一种是基于已知体细胞突变的靶向测序方法。

关键技术方法包括：从患者血浆中提取细胞游离DNA（cfDNA）；建立lpWGS技术流程（测序深度<1x）用于检测拷贝数变异（CNV）和计算肿瘤分数（Tumor Fraction, TF）；针对已知突变设计引物进行靶向测序；使用ichorCNA软件分析CNV和TF；通过统计学方法分析ctDNA与临床结局的相关性。

研究结果方面，通过"概念验证"实验证实了在ACC患者中检测ctDNA的可行性。使用SK-MM-1细胞系DNA spike-in实验验证了靶向测序方法的敏感性和特异性，证明在不同PCR循环数和起始DNA量条件下均能稳定检测变异等位基因频率（VAF）。

在"通过lpWGS的CNV分析检测ctDNA"部分，研究发现7名患者（47%）至少在一个时间点检测到ctDNA。其中两名患者（P2和P4）在筛查时即检测到极高的TF（>50%），随后因疾病进展退出试验；另一组患者（P8、P10、P12和P16）在多个时间点检测到持续存在的ctDNA；仅患者P1显示随时间推移TF下降的趋势。

在"通过ACC特异性体细胞突变的靶向测序检测ctDNA"部分，研究揭示了重要发现：在11名有肿瘤活检测序结果的患者中，大多数先前报告的潜在驱动突变实际上是种系来源的。经过严格筛选，仅在3名患者（P4、P11和P16）中检测到ACC来源的ctDNA，其中仅P11有多个时间点样本显示VAF波动。

在"肿瘤检测效率比较"方面，lpWGS在检测ACC来源cfDNA方面表现优于靶向测序（47% vs 20%患者）。值得注意的是，患者P11仅通过靶向测序检测到ctDNA，提示其肿瘤可能缺乏CNV。两种方法结合使用将总检出率提高至53%。

关于"ctDNA持续存在与临床反应的相关性"，研究发现虽然无统计学显著性，但存在重要趋势：与未检测到ctDNA的患者相比，可检测到TF的患者具有更短的无进展生存期（PFS）（中位数2.37 vs 3.86个月）和更短的ATRA治疗时间（99 vs 153天）。此外，可检测到ctDNA的患者中疾病进展（PD）比例更高（57% vs 25%）。

研究结论与讨论部分强调，这是首次评估ctDNA在ACC治疗无效性评估中应用价值的研究。所有检测到ctDNA的患者均显示治疗无效性，表明ctDNA出现或持续存在可能作为提示治疗无效的早期信号。虽然统计显著性未达到（可能源于样本量限制），但ctDNA与较差临床结局之间的趋势一致，值得在更大队列中进一步验证。

lpWGS显示出比靶向测序更好的检测性能，且具有成本效益高、不需要先验基因组知识的优势。然而研究发现ACC的突变景观具有挑战性——27%的先前报告的"体细胞突变"实际上是种系变异，这解释了靶向测序相对较低的灵敏度。

该研究的重要意义在于为ACC治疗评估提供了新的维度。液体活检能够更频繁地实施，捕捉克隆进化，并提供比组织活检更全面的基因组信息。特别是在缺乏FDA批准疗法的ACC领域，将液体活检纳入临床试验可能加速有效药物的识别，避免患者暴露于无效治疗。虽然目前ctDNA主要适用于晚期疾病评估，但该方法经过优化后可能应用于早期疾病监测和微小残留病灶检测，尽管这些应用面临检测灵敏度方面的额外挑战。

总之，这项研究为ACC管理引入了有价值的补充工具，展示了分子标志物与传统影像学结合在罕见癌症精准医疗中的潜力，为未来更大规模的研究和临床实践奠定了基础。