西班牙非小细胞肺癌患者EGFR外显子20突变检测的外部质量评估

本研究针对西班牙非小细胞肺癌（NSCLC）患者EGFR外显子20插入突变检测准确性不足的问题，开展了两轮外部质量评估（EQA）。结果显示，71.1%和73.6%的检测报告了预期结果，但H773delinsRY突变检出率最低（17.8%-31.4%），仅新一代测序（NGS）能准确识别。研究强调了EQA对确保分子诊断质量的重要性，并呼吁采用NGS技术以提高罕见突变检出率，为靶向治疗提供可靠依据。

　　

肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因，其中非小细胞肺癌（NSCLC）占病例的85%。随着精准医疗的发展，针对驱动基因（如EGFR）突变的靶向治疗显著改善了患者预后。EGFR基因突变主要包括外显子19缺失、外显子18和21点突变，以及外显子20插入突变。尽管外显子20插入突变仅占NSCLC病例的1-2%，但其识别至关重要，因为携带此突变的患者对第一、二代EGFR酪氨酸激酶抑制剂（TKI）耐药。

分子诊断技术的准确性直接关系到治疗决策的正确性。历史上，福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织DNA测序曾是检测EGFR突变的金标准，但近年来，基于聚合酶链反应（PCR）的方法（如实时定量PCR）和新一代测序（NGS）逐渐成为主流。qPCR操作简便，但对DNA质量要求较低，且仅能检测已知特定突变，多重检测能力有限；而NGS可同时检测多个已知和未知突变，具有更高的敏感性和特异性。随着NGS的普及，更多外显子18、19、20和21的变异被识别，增加了分子诊断的复杂性。

在实验室医学中，外部质量评估（EQA）旨在评估实验室检测的准确性并提高检测质量。西班牙解剖病理学会（SEAP）组织了EQA项目，以评估西班牙实验室NSCLC生物标志物检测的质量。鉴于上述背景，本研究旨在强调检测和识别EGFR外显子20插入等遗传 alteration的重要性，并提高对使用适当技术检测这一特定突变的意识。

研究人员利用来自两个西班牙医院（马德里12 de Octubre医院和塞维利亚Virgen del Rocío大学医院）的FFPE样本，通过QIAamp DNA FFPE Tissue Kit?提取DNA，并使用Qubit 3.0进行荧光定量。样本通过qPCR（cobas? EGFR Mutation Test v2和Idylla? EGFR Mutation Assay）和靶向扩增子NGS panel（Oncomine Focus Assay kit）进行验证。研究设计包括两轮EQA，每轮四个样本，涵盖外显子20插入/重复、常见EGFR突变（如外显子19缺失或外显子21 L858R）和野生型（WT）样本。

参与情况

第一轮邀请56个实验室，45个（80.4%）参与；第二轮44个受邀，35个（79.6%）参与，覆盖14个西班牙自治区。

DNA提取

第一轮最常用cobas? DNA Sample Preparation Kit（46.7%），第二轮cobas?（31.1%）、Idylla?（22.9%）和QIAamp（20.0%）为主。

基因分型方法

两轮中最常用cobas? EGFR Mutation Test（第一轮53.3%；第二轮37.1%），NGS使用率分别为22.2%和31.4%。

基因分型结果

第一轮71.1%测试报告预期结果，第二轮73.6%。案例3（H773delinsRY外显子20）检出率最低（第一轮17.8%；第二轮31.4%），仅NGS能正确识别。案例2（WT）和案例4（L858R外显子21）检出率超过90%。样本细胞含量评估显示，多数实验室估计细胞含量>60%，但案例4细胞含量较低（第一轮仅17.6%估计>60%）。

根据检测方法的结果

第二轮中，cobas?正确识别案例1、2和4基因型，但无法检测案例3的EGFR外显子20插入；NGS正确识别所有案例，但一实验室误报案例2插入。

研究结论强调，EQA结果显示71-74%的成功检测率，反映出西班牙实验室仍主要依赖PCR-based方法，导致罕见突变如H773delinsRY检出率低。NGS技术显示出 superior性能，能准确识别所有突变类型。讨论部分指出，NGS的优势包括高检测率、识别新变异和共突变能力，有助于改善患者预后。尽管PCR-based方法快速、成本低且广泛可用，但NGS在精准医疗中的重要性日益凸显。西班牙SEAP和SEOM推荐使用高灵敏度方法（如NGS）进行NSCLC分子分析。研究局限性包括未收集检测时间数据，且结果仅适用于西班牙，但高参与率使其具有代表性。最终，持续EQA和NGS技术的推广对提高分子诊断质量至关重要。