基于低成本微针捕获技术的全长空间转录组策略MSN-seq的开发与应用

本文开发了一种名为MSN-seq的新型空间转录组技术，通过微针（MSN）采样结合优化的Smart-seq2流程，实现了低成本、高效率的全长转录组捕获。该方法在帕金森病（PD）、视网膜变性（RD）和胶质母细胞瘤（GBM）模型中成功捕获了空间基因表达信息，为疾病机制研究提供了重要工具。

　　

¹Target tissue capture-based spatial transcriptomic strategy development

基于目标组织捕获的空间转录组策略开发

MSN-seq技术整合了武藏不锈钢针（MSN）采样与改良的Smart-seq2建库流程，形成了以目标组织捕获为核心的空间转录组策略。该方法包含四个关键步骤（图1A）。为实现稳定可重复的空间转录组分析，组织制备需经过精心优化。MSN-seq不仅适用于小鼠脑组织和眼组织冷冻切片，还可广泛应用于其他组织类型。

²Discussion

讨论

本研究开发并验证了一种名为MSN-seq的新型空间转录组学策略。该方法的三大核心要素包括：自主开发的染色方案、基于MSN的采样技术以及改良的Smart-seq2工作流程。这项新型染色技术能够在保持RNA完整性的前提下，清晰显示脑组织和视网膜冷冻切片中的单个细胞。染色流程快速简便，使得转录组采样可在同一天内完成。

³Animals, Tissues, and Consumables

实验动物、组织与耗材

组织样本来源于C57BL/6J背景的野生型（wt）对照小鼠、帕金森病（PD）模型小鼠、视网膜变性（rd1）模型小鼠以及U251-MG-Luc原位胶质母细胞瘤模型小鼠。所有实验动物均购自集萃药康生物科技股份有限公司。小鼠经麻醉后通过颈椎脱臼法实施安乐死。所有动物实验均符合东南大学附属中大医院伦理委员会的伦理标准（批准号：20230206002）。实验动物在性别、年龄等方面均进行了标准化控制。

⁴CRediT authorship contribution statement

作者贡献声明

李墨馨：数据管理。周颖：文稿撰写与修订、原始文稿撰写、方法学建立、数据分析。葛钦瑜：研究实施、资金获取。陆祖宏：研究指导、资金支持。刘全军：资源提供、资金保障。赵祥伟：资金支持。盛玉琪：软件开发、资源支持。潘敏：项目管理。齐婷：数据管理。李智慧：文稿修订、方法学建立。