基于长读长纳米孔测序的人类线粒体全基因组分析方法开发与异质性鉴定研究

本文开发了一种基于QNome纳米孔测序仪的单扩增子长读长测序方法，并配套开源生物信息学流程VCall，实现了对人类线粒体全基因组（mitogenome）的高效分析。该方法成功克服了核线粒体序列（NUMTs）干扰，精准鉴定了多态性位点和异质性（heteroplasmy）现象，为法医遗传学和医学遗传学研究提供了新技术方案。

　　

¹Highlight²

纳米孔测序以其长读长特性脱颖而出，有望为短读长测序无法解决的mtDNA分析遗传挑战提供新视角，主要包括评估异质性（heterogeneity）和消除核线粒体序列（NUMTs）干扰。在我们先前的研究中，已开发出用于mtDNA控制区序列和异质性分析的自动化可调节纳米孔测序分析流程CmVCall。

³Results and discussion⁴

纳米孔测序因其能够对核苷酸链的长连续片段进行测序而脱颖而出，有望为短读长测序无法解决的mtDNA分析遗传挑战提供新视角，主要包括评估异质性（heterogeneity）和消除NUMT干扰。在我们先前的研究中，提出了一个用于mtDNA控制区序列和异质性分析的自动化可调节纳米孔测序分析流程CmVCall。

⁵Conclusions⁶

本研究开发了VCall，一个用于变异识别和异质性注释的自动化工具，专为全线粒体基因组的长读长测序数据而设计。该流程随后应用于92个随机样本的mtDNA分析，产生了85个不同的单倍型和72个单倍群，相应的单倍型多样性和单倍群多样性值分别为0.9981和0.9936。使用10.0%的检测阈值，总共鉴定出61个异质性位点。