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新型双(4-羟基-2H-香豆素-2-酮)衍生物的绿色合成、DFT分析与抗炎机制研究:基于噻吩-2-基与4-吡啶基取代的分子对接与ADMET预测
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年09月24日 来源:Results in Chemistry 4.2
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本研究针对抗炎药物开发需求,通过绿色合成策略设计并制备了噻吩-2-基与4-吡啶基取代的双(4-羟基-2H-香豆素-2-酮)衍生物。采用DFT理论计算、ADMET预测和分子对接技术,系统评估了化合物的电子结构、药代动力学特性及与炎症靶蛋白(6GVZ/6HN/3H1X)的结合能力。结果表明化合物3b具有更低的能隙(ΔE=3.82 eV)、更高超极化率(βtot=2.38×10?30 esu)和优异的口服生物利用度,为新型抗炎药物开发提供了理论依据。
在当今药物研发领域,香豆素类化合物因其广泛的生物活性而备受关注。这类天然存在于甜草、甜三叶草等植物中的杂环化合物,不仅具有抗HIV、抗菌、抗癌等药理作用,还被用作增白剂和化妆品添加剂。然而,尽管香豆素衍生物在抗炎方面展现出潜力,但至今尚未有相关药物成功进入临床使用。传统的药物发现方法耗时长、成本高,且难以精准预测化合物的药代动力学特性。这就迫切需要开发新的策略,将绿色合成、理论计算与生物信息学相结合,以加速抗炎药物的研发进程。
在这项发表于《Results in Chemistry》的研究中,由S. Baskar领衔的研究团队开展了一项多学科交叉的研究。他们设计并合成了两种新型双(4-羟基-2H-香豆素-2-酮)衍生物——分别带有噻吩-2-基(化合物3a)和4-吡啶基(化合物3b)取代基,旨在开发具有潜在抗炎活性的新型化合物。研究采用了环境友好的合成方法,使用Amberlite 400 Cl?树脂作为可重复使用的多相催化剂,通过4-羟基香豆素与相应醛类的缩合反应高效制备了目标产物。
为全面表征这些化合物,研究人员整合了多种先进技术方法:首先利用密度泛函理论(DFT)在B3LYP/6-311++G(d,p)水平上进行结构优化和电子性质计算;随后通过瑞士ADME在线工具进行ADMET(吸收、分布、代谢、排泄和毒性)预测;最后采用AutoDock Vina进行分子对接模拟,并以Discovery Studio可视化结果,系统评估了化合物与多种抗炎靶标蛋白的相互作用。
在晶体结构解析方面,研究团队通过单晶X射线衍射分析揭示了化合物3a的单晶结构,其晶体属于单斜晶系,空间群为P21/n。通过比较实验测定与理论计算的键长和键角,发现两者高度一致,验证了DFT计算方法的可靠性。
前沿分子轨道(HOMO-LUMO)分析显示了有趣的电子特性。化合物3a的HOMO和LUMO轨道能级分别为-6.27 eV和-2.02 eV,能隙为4.25 eV;而化合物3b的相应值分别为-6.16 eV、-2.34 eV和3.82 eV。较小的能隙表明化合物3b具有更高的化学反应活性。全球反应性参数计算进一步显示,化合物3b的亲电性指数(ω=0.4960)显著高于3a(ω=0.2929),预示其与生物分子结合的能力更强。
分子静电势(MEP)图谱分析揭示了化合物的反应位点分布。电负性氧原子区域显示负静电势(红色),而氢原子区域显示正静电势(蓝色),这种电荷分离为分子间的相互作用提供了结构基础。
紫外-可见光谱研究显示,化合物在310 nm附近出现强吸收峰,与实验测得的306 nm峰位基本吻合,表明理论计算能准确预测化合物的电子跃迁行为。
振动光谱分析涵盖了C-H振动(2900-3000 cm?1)、C=O伸缩振动(1600-1740 cm?1)和O-H伸缩振动(2500-3300 cm?1)等关键振动模式。理论计算与实验测定结果高度一致,验证了化合物结构的正确性。
非线性光学(NLO)研究表明,化合物3b的偶极矩(8.21 Debye)和第一超极化率(βtot=2.3835×10?30 esu)均显著高于尿素参考值,分别是尿尔的6.41倍,表明这些化合物在光电材料领域具有应用潜力。
瑞士ADME预测揭示了化合物的药代动力学特性。两种化合物的分子量分别为418.42 g/mol(3a)和431.39 g/mol(3b),Log P值分别为2.62和2.36,均符合Lipinski五规则。BOILED-egg模型预测显示,化合物3b具有高胃肠道吸收特性,而两种化合物均不能透过血脑屏障,降低了中枢神经系统副作用的风险。
分子对接研究针对三种炎症相关蛋白(6GVZ、6HN、3H1X)开展。结果显示,化合物3b与3H1X蛋白的结合能最低(-8.21 kcal/mol),抑制常数(Ki)为0.30233 μM,表明其具有最强的结合亲和力。相互作用的氨基酸残基包括SER A:479、LYS A:350、GLU A:353等,形成了氢键、π-阴离子和π-烷基等多种相互作用。
实验部分详细描述了材料与方法。所有化学品购自SRL、Spectrochem和Sigma-Aldrich,使用PerkinElmer Spectrum 100傅里叶变换红外光谱仪、Bruker UltraShield核磁共振谱仪(400/100 MHz)和Waters Q-TOF质谱仪进行了全面的表征。
本研究通过绿色合成方法成功制备了两种新型香豆素衍生物,并通过综合的理论计算和实验验证,全面揭示了其电子结构、光学性质和药理学特性。DFT计算与实验数据的高度一致性证明了理论方法的可靠性。ADMET预测表明化合物具有良好的药代动力学特性和安全性。分子对接结果进一步证实了这些化合物作为抗炎药物的潜力,特别是化合物3b展现出优异的结合亲和力和特异性。
这项研究的重要意义在于它提供了一种从分子设计到生物活性评价的完整研究范式,将绿色化学、计算化学和药物发现有机结合。所开发的化合物不仅为抗炎药物研发提供了新的先导化合物,其优异的NLO性质也为光电材料领域提供了新的候选材料。这种多学科交叉的研究方法为未来药物开发提供了可借鉴的策略,加速了从实验室研究到潜在临床应用的过程。
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