液晶引导的DNA信息存储技术:实现无损恢复与长期保存的创新平台

【字体: 时间:2025年09月25日 来源:SCIENCE ADVANCES 12.5

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  为解决DNA数据存储中DNA载量低、恢复过程复杂及长期保存稳定性差等问题,研究人员开展了基于液晶(LC)与阳离子表面活性剂组装DNA信息保存平台(LDIPP)的研究。该平台通过静电与疏水作用形成层状结构,实现了高DNA负载(28.5 wt%)、快速无损恢复(盐溶液处理10分钟)、抗酶解和抗菌特性,并通过矿化延长保存寿命(-20°C下半衰期提升近10倍)。LDIPP的热塑性及可定制宏观形态为DNA存储提供了多场景应用方案,推动了DNA存储技术的实用化发展。

  

随着大数据时代的爆发性增长,传统存储介质已难以满足海量数据长期保存的需求。DNA因其理论存储密度高达455 EB/g(exabytes/gram)、能耗低且化学稳定性高,被视为理想存储介质。然而,DNA链在保存过程中易受温度波动、酶降解和微生物侵蚀等因素影响,导致链断裂或信息丢失。现有DNA保存方法(如硅胶、氧化铁或水凝胶封装)存在DNA负载量低(通常<5 wt%)、操作复杂且宏观形态单一等问题,严重限制了其实际应用。

为突破这些瓶颈,研究人员开发了一种基于液晶(Liquid Crystal, LC)引导的DNA信息保存平台(Liquid crystal–guided DNA information preservation platform, LDIPP)。该平台通过带负电的DNA分子与阳离子表面活性剂(如DDAB)的静电和疏水作用自组装形成层状结构,实现了高密度DNA负载、快速无损恢复、抗生物降解及可定制宏观形态等功能。研究结果发表于《SCIENCE ADVANCES》,为DNA数据存储提供了多尺度、高性能的解决方案。

研究主要采用以下关键技术:

  1. 1.

    LDIPP组装技术:通过DNA与DDAB在水溶液中自组装形成层状结构,经离心、冻干和脱水处理获得溶剂-free的固体材料。

  2. 2.

    DNA编码与算法优化:采用级联算法(含Lempel-Ziv-Welch压缩、Reed-Solomon纠错和Raptor-Q冗余编码)优化GC含量和同聚物消除,提升存储密度和准确性。

  3. 3.

    无损恢复技术:使用高浓度盐溶液(3 M醋酸钠,pH 5.2)破坏静电作用,10分钟内释放DNA并通过低温离心回收。

  4. 4.

    抗菌与抗酶测试:通过接触培养和酶切实验(Eco RI, 200-800 U/ml)验证LDIPP对微生物和核酸酶的抵抗能力。

  5. 5.

    矿化与寿命延长:通过交替浸泡CaCl2和Na2HPO4溶液在LDIPP表面形成磷酸钙(CaP)矿化层,并通过加速老化实验(60-70°C, 50% RH)推算保存寿命。

研究结果

Preparation and characterization of LDIPP

通过DDAB与DNA(长度688 bp至4.8 Mbp)组装形成层状结构,偏振光学显微镜(POM)显示明显双折射纹理,证实有序微观结构。小角X射线散射(SAXS)显示层间距d≈3.2 nm,证实调制近晶相结构。DNA负载量达28.5 wt%,远超现有方法(如硅胶封装)。LDIPP具热塑性(相变温度155°C),可模塑成花瓣或空心六边形等形状,并通过有机溶剂溶胀形成可塑弹性有机凝胶。

Efficient and rapid DNA recovery from LDIPP

使用3 M醋酸钠溶液(pH 5.2)涡旋处理10分钟即可释放DNA,回收率近100%。Sanger测序和Illumina全基因组重测序验证了编码信息(如《海的诗歌》和莫扎特音频)的准确恢复,逻辑存储密度达1.90-1.92 bits/nt。恢复的DNA质粒可通过微生物发酵生物放大(10小时35倍),且连续传代1000代未发现突变错误。

Enzymatic resistance and antimicrobial properties of LDIPP

LDIPP能抵抗Eco RI酶切(最高800 U/ml),测序显示酶切位点保持完整。对革兰氏阴性(E. coli)和阳性(S. aureus)菌均表现出强抗菌性,SEM和菌落计数显示LDIPP表面无活菌附着,而对照组菌落大量生长。

Mineralization of LDIPP for long-term preservation and steganography

CaP矿化后(M-LDIPP),DNA负载量仍达24.2 wt%。加速老化实验表明矿化层显著延缓DNA降解,活化能从138.68 kJ/mol提升至155.18 kJ/mol,推算-20°C下保存半衰期延长近10倍。LDIPP可模塑成牙齿形状并矿化,实现信息隐写术(Steganography),SEM和EDS证实连续CaP层形成。

结论与讨论

LDIPP通过液晶引导的组装策略,成功解决了DNA存储中高负载、快速恢复、生物稳定性和长期保存等核心问题。其层状结构不仅提供抗酶解和抗菌保护,还通过矿化进一步延长寿命,适用于 archival cold storage(冷存储)。热塑性和可矿化特性支持多形态信息加密与迁移,为DNA存储的实际应用提供了全面解决方案。该平台在存储密度、操作效率和环境适应性方面显著优于现有技术(如硅胶或聚合物封装),有望推动DNA存储技术在大数据领域的规模化应用。

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