基因变异、基于qPCR的检测方法以及Berkeleyomyces物种在Ilex crenata中的毒力研究

《Journal of Phytopathology》：Genetic Variation, qPCR-Based Detection and Virulence of Berkeleyomyces Species in Ilex crenata

黑根腐病真菌属 Berkeleyomyces 中 B. basicola 和 B. rouxiae 对常春冬青的致病性及其 qPCR 快速检测方法研究。通过基因组测序和毒力测试，发现两物种在致病性上相似性较高。开发了基于 60S 和 rDNA ITS 的双联 qPCR 检测体系，灵敏度分别达 100 fg 和 10 fg DNA，适用于其他寄主及流行病学研究。

　　

摘要

Berkeleyomyces是一种全球分布的土壤真菌属，包含B. basicola和B. rouxiae两个物种，可导致170多种植物发生根腐病，其中包括观赏灌木Ilex crenata。这两种物种在形态上无法区分，此前被归类为Thielaviopsis basicola。历史记录未能充分反映该属的物种多样性，尤其是其对特定宿主植物（如生菜）的致病性差异。本研究的首要目的是确定这两种Berkeleyomyces菌株是否会对I. crenata造成影响，因为这一信息有助于选择用于抗性育种的菌株。我们从比利时弗兰德斯地区和荷兰的花园、公园及苗圃中收集了33株I. crenata植物上的Berkeleyomyces菌株，并通过基因组测序（Genotyping-by-Sequencing, GBS）技术对其进行了物种和亚种级别的鉴定。大多数I. crenata菌株属于B. basicola属内的两个近似克隆群。毒力测试表明，B. basicola和B. rouxiae在引发I. crenata病害方面的能力相似，其毒力差异主要与宿主种类有关。研究的第二个目标是开发新型qPCR检测方法，以实现快速鉴定和定量这两种Berkeleyomyces菌株。我们设计了两组特异性qPCR检测体系：一组针对60S基因位点（检测灵敏度可达100 fg DNA），另一组针对rDNA ITS基因位点（检测灵敏度可达10 fg DNA），这两种方法均可采用双链形式进行检测。这些qPCR方法已成功用于病原体的定量分析，并显示出在其它宿主植物及流行病学研究中的应用潜力。

利益冲突

作者声明不存在任何利益冲突。