综述：整合质谱驱动的多组学与单细胞技术在强直性脊柱炎中的应用：对发病机制、生物标志物发现和精准医学的见解

本综述系统阐述了基于质谱（MS）的多组学技术（涵盖蛋白质组学、代谢组学、脂质组学）及单细胞技术（如质谱流式细胞术）在强直性脊柱炎（AS）研究中的关键作用。文章重点介绍了MS技术原理（如ESI/MALDI电离、Orbitrap/TOF分析器）及其在发现AS特异性生物标志物（如CRP+SAA1组合、色氨酸-犬尿氨酸代谢物）、揭示免疫失调通路（如补体系统、基质金属蛋白酶）以及推动精准医疗（如早期诊断、机制分型、个性化治疗）方面的最新进展，为深入理解AS复杂发病机制和改善临床诊疗策略提供了重要视角。

　　

引言

强直性脊柱炎（Ankylosing Spondylitis, AS）是一种慢性、系统性炎症性疾病，主要影响中轴骨骼，尤其是骶髂关节和脊柱。其临床特征包括炎症、疼痛和进行性僵硬，可导致结构性损伤，如脊柱融合和活动能力丧失。关节外表现也很常见，如葡萄膜炎、银屑病和炎症性肠病，凸显了该疾病的全身性。AS通常在成年早期发病，男性发病率高于女性。然而，由于非典型的临床表现，女性常面临诊断延迟。AS与人类白细胞抗原（HLA）-B²⁷基因强烈相关（约95%的AS病例中存在），但其确切发病机制仍未完全阐明。

目前AS的临床诊断主要依赖2016年修订的纽约标准，整合了骶髂炎的MRI证据，这对于早期发现活动性炎症和临床症状（如持续超过3个月的炎性背痛、晨僵和活动后缓解）至关重要。HLA-B²⁷、C反应蛋白（C-reactive protein, CRP）和红细胞沉降率（erythrocyte sedimentation rate, ESR）的实验室检测支持诊断，但并非确定性指标。然而，由于缺乏明确的生物标志物和症状的非特异性，AS的早期诊断仍然具有挑战性。

当前的治疗策略主要涉及一线疗法，如非甾体抗炎药（nonsteroidal anti-inflammatory drugs, NSAIDs），能有效缓解疼痛和僵硬。然而，尽管广泛使用，约有三分之一的患者对NSAIDs没有治疗反应。对于对NSAIDs反应不足的患者，会使用生物制剂，包括肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor, TNF）抑制剂（如阿达木单抗、英夫利西单抗）和白介素-17（interleukin-17, IL-17）抑制剂（如司库奇尤单抗），以靶向特定的炎症通路。在涉及外周关节表现的情况下，也可能使用常规的改善病情抗风湿药（disease-modifying antirheumatic drugs, DMARDs），如柳氮磺吡啶。然而，这些疗法主要用于症状管理和减缓疾病进展，而非治愈。此外，AS的异质性使个性化治疗策略的开发复杂化，凸显了对其分子机制进行深入研究和开发靶向治疗的迫切需求。

复杂疾病源于遗传、环境和生活方式因素的相互作用，导致多个生物层面（包括基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和表观基因组）的失调。传统的单组学方法专注于单一分子水平，通常不足以完全解释这些疾病的复杂性。多组学技术通过整合来自多个分子层面的数据，提供了对疾病机制的全面视角。这种整合方法能够识别关键分子驱动因素和生物标志物，并阐明疾病进展背后复杂的分子网络。

质谱（Mass Spectrometry, MS）是多组学研究中的一项核心技术，因其无与伦比的灵敏度、特异性和多功能性而备受青睐。在蛋白质组学中，MS能够识别和量化数千种蛋白质，包括翻译后修饰（post-translational modifications, PTMs），为细胞信号传导和功能提供了关键见解。在代谢组学和脂质组学中，MS允许对小分子和脂质进行全面分析，揭示代谢途径和疾病相关生物标志物。MS在单一平台内分析不同分子类别的能力进一步促进了多组学数据的整合，从而实现对复杂生物系统更全面的理解。例如，在AS中的多组学研究揭示了免疫失调、代谢紊乱和遗传易感性之间的相互作用，为其发病机制和潜在干预策略提供了新的见解。

质谱的基本原理

MS是一种分析技术，通过测量离子的质荷比（m/z）来识别和量化样品中的分子。该过程包括三个主要步骤：电离，将样品分子转化为气相离子；质量分析，使用质量分析器根据离子的m/z值进行分离；检测，记录每个离子的丰度以生成质谱。MS具有高灵敏度、高特异性和多功能性的特点，使其成为分析复杂生物样品中各种分子（包括蛋白质、代谢物和脂质）的强大工具。

分离系统

色谱分离系统广泛用作MS的前端，通过在检测前分离组分来增强对复杂混合物的分析。液相色谱（Liquid Chromatography, LC），特别是高效液相色谱（high-performance LC, HPLC）和超高效液相色谱（ultra-high-performance LC, UHPLC），通常与MS联用（LC-MS），用于分析非挥发性和热不稳定化合物，如蛋白质、肽段和代谢物。气相色谱-MS（Gas Chromatography-MS, GC-MS）则适用于挥发性和半挥发性化合物，如小有机分子和环境污染物。这些系统通过降低样品复杂性和减少离子抑制来提高MS的灵敏度和分辨率。先进技术，如二维色谱（2D-LC或GC），进一步增强了分离能力，使得能够分析高度复杂的样品（如生物体液或环境提取物）。

纳流液相色谱系统，其流速小于1 μL/min，可作为MS的分离系统。当与MS的高分辨率和准确性相结合时，它们形成了纳流LC-串联MS（nanoLC-MS/MS）技术，这是蛋白质组学研究中的一项基石技术。该技术具有显著优势：a). 增强的检测灵敏度：纳流LC的纳流速使得样品能够高度浓缩，允许使用最少的样品量进行分析，并促进低丰度蛋白质的检测。这对于研究稀缺的生物样品（如临床活检标本）尤其有价值，因为这些样品需要最大化利用有限的样本来获得全面的蛋白质组学信息。b). 卓越的分离能力：当处理包含大量肽段的复杂蛋白质酶解物时，纳流LC通过使用填充有小粒径固定相的长色谱柱实现超高峰容量分离。这减少了肽段干扰，提高了MS鉴定的准确性和可靠性，从而能够更清晰地分析肽段质量和结构信息，进而增强蛋白质的鉴定和定量。

电离

MS依赖各种电离技术将样品分子转化为气相离子以供分析。最常用于生物样品的是软电离技术，包括电喷雾电离（electrospray ionization, ESI）和基质辅助激光解吸/电离（matrix-assisted laser desorption/ionization, MALDI）。ESI通过向液体样品施加高电压产生离子，形成带电液滴，这些液滴蒸发后产生气相离子。它适用于大生物分子，并广泛应用于蛋白质组学和代谢组学。MALDI是一种采用激光照射使与分析物共结晶的专用有机基质离子化的技术，可产生完整分子离子用于多种生物分子。尽管分离能力有限对常规组学研究构成挑战，但其卓越的空间分辨率（通常为20-200 μm）使其成为空间代谢组学研究和质谱成像（mass spectrometry imaging, MSI）中不可或缺的工具。同时，电子电离（electron ionization, EI）用高能电子轰击气相分子，导致碎裂并产生稳健的谱图，通常用于GC-MS中的小分子分析。GC-MS为天然产物和小分子代谢物的鉴定提供了重要支持，补充了代谢组学数据的完整性。不同的方法学优势使其适用于各种分析物类别和实验背景。

质量分析器

质量分析器是MS的重要组成部分，根据离子的m/z进行分离。常见类型包括“四极杆分析器”，它使用振荡电场过滤离子；“飞行时间（time-of-flight, TOF）分析器”，通过测量离子在固定距离内的飞行时间进行分离；以及“轨道阱（orbitrap）分析器”，它将离子捕获在静电场中并检测其振荡频率以进行高分辨率测量。每种分析器在分辨率、准确性和速度方面提供独特优势，使其适用于不同的应用，从靶向定量到高通量蛋白质组学。

MS中的数据采集模式

MS采用几种数据采集模式来分析样品，每种模式都针对特定的研究需求。在全扫描模式中，质量分析器检测指定m/z范围内的所有离子，提供样品组成的全面概览。选择离子监测（selected ion monitoring, SIM）或多反应监测（multiple reaction monitoring, MRM）专注于特定的m/z值，增强了已知化合物靶向分析的灵敏度。平行反应监测（parallel reaction monitoring, PRM）通过并行监测多个离子转换，能够同时检测多个目标分析物。这不仅提高了分析效率，还提供了高分辨率和精确的定量，使其成为蛋白质组学和代谢组学研究中广泛采用的技术。串联MS（tandem MS, MS/MS），或称数据依赖性采集（data-dependent acquisition, DDA），分离前体离子，将其碎裂，并分析产生的产物离子，从而能够对分子进行详细的结构表征和鉴定。数据非依赖性采集（data-independent acquisition, DIA），如连续窗口采集所有理论质谱（sequential window acquisition of all theoretical mass spectra, SWATH-MS），系统性地碎裂定义m/z范围内的所有离子，在非靶向和靶向分析之间提供了平衡，并具有高重复性。采集模式的选择取决于研究目标，如发现性蛋白质组学、靶向代谢组学或结构解析。

多组学在AS进展中的应用

多组学研究通常包括基因组学、转录组学、代谢组学和蛋白质组学，其中代谢组学和蛋白质组学通常依赖MS进行数据收集。

蛋白质组学

蛋白质组学的目标是全面分析样品中所有蛋白质的变化，以便深入了解疾病机制并识别潜在的生物标志物或治疗靶点。该研究策略侧重于基于MS技术的蛋白质鉴定和定量。

蛋白质鉴定和定量

从样品中提取蛋白质，并使用蛋白酶（如胰蛋白酶）将其消化成肽段。这些肽段随后在离子源中被电离形成带电离子。接着，质量分析器精确测量前体离子或碎片离子的m/z并记录其峰强度。获得的肽段离子m/z数据与理论数据库进行匹配，通过分析肽段的氨基酸组成并组装肽段序列，确定完整的蛋白质序列，从而实现蛋白质鉴定。

在无标记定量蛋白质组学中，蛋白质丰度主要通过肽段离子的谱图强度求和或提取的峰面积积分来确定。对于基于同位素标记的定量，最广泛使用的是同重同位素标记相对和绝对定量（isobaric tags for relative and absolute quantification, iTRAQ）和串联质量标签（tandem mass tags, TMT）。这些方法利用同位素编码的标签特异性标记肽段的氨基基团。由于这些标签是同重的，用不同同位素标记的肽段在全质量检测中表现出相同的分子量。在串联MS/MS分析过程中，报告基团、质量平衡基团和肽段反应基团之间的键断裂，导致质量平衡基团的丢失并产生低m/z的报告离子。报告离子强度的差异反映了标记肽段的相对丰度，从而能够进行定量分析。

作为采用收获后化学标记的TMT技术的替代方案，细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记（stable isotope labeling by amino acids in cell culture, SILAC）利用代谢 incorporation 同位素编码的前体（如¹³C₆-赖氨酸和¹³C₆-精氨酸）在活跃的蛋白质生物合成过程中。这种体内标记方法通过在多轮细胞分裂周期中将重氨基酸完全掺入新合成的多肽中，确保同位素替换。通过在不同样品中使用补充有轻（天然丰度）或重（同位素标记）氨基酸的培养基培养细胞，SILAC策略能够进行相对丰度比较，并通过MS实现精确的蛋白质定量。来自标记蛋白质的轻重肽段对之间的明显质量差异可以在MS谱图中准确测量，从而促进实验组间蛋白质表达水平的可靠定量。

翻译后修饰分析

PTMs通过调节蛋白质表达动力学、亚细胞定位和功能性分子相互作用，在调控多种生物过程中起着关键作用。这些调控事件实质性地影响基本生物途径，导致疾病发病机制，并作为治疗开发中的战略靶点。蛋白质PTMs的主要类别包括磷酸化、糖基化、乙酰化、泛素化、甲基化和SUMO化。例如，磷酸化通常作为分子开关控制信号通路，而糖基化可以影响蛋白质折叠和细胞间通讯。PTMs受到酶的严格调控，其失调通常与各种疾病相关，包括癌症、神经退行性疾病和自身免疫性疾病。

蛋白质组学在AS研究中的应用

AS蛋白质组学研究的最新进展深化了我们对这种疾病的理解。通过系统分析疾病相关生物样品中与健康对照（healthy controls, HCs）相比的差异表达蛋白质（differentially expressed proteins, DEPs），蛋白质组学方法不仅有助于识别诊断候选生物标志物，还为疾病机制和潜在治疗靶点提供了宝贵见解。这为开发AS患者的诊断方法、药物靶点、分子机制研究和治疗策略提供了新的视角。

血清蛋白质组学分析已成为识别潜在生物标志物的基石，这些标志物可能实现准确的AS诊断和疾病活动的动态监测。Liu等人使用基于TMT的定量蛋白质组学研究来自15名活动性AS患者和60名健康捐献者的混合血清样品。总共鉴定出762种蛋白质，其中46种在活动性AS患者中上调，59种下调。上调最多的炎症相关蛋白质包括CRP、补体因子H相关蛋白3（complement factor H-related protein 3, CFHR3）、α-1-酸性糖蛋白2（α-1-acid glycoprotein 2, ORM2）、血清淀粉样蛋白A1（serum amyloid A1, SAA1）、纤维蛋白原γ（fibrinogen γ, FG-γ）和纤维蛋白原β（fibrinogen β, FG-β），而下调最多的炎症相关蛋白质包括S100A8、脂肪酸结合蛋白5（fatty acid-binding protein 5, FABP5）和血小板反应蛋白1（thrombospondin 1, THBS1）。该研究随后采用了两个队列：队列1（来自两个独立中心的138名活动性AS患者和190名HCs）用于生物标志物发现和验证，队列2（28名稳定性AS患者、26名活动性AS患者和28名HCs）用于评估生物标志物在区分不同疾病状态方面的性能。最后，作者证明CRP和SAA1的组合在区分活动性AS与HCs方面实现了最佳诊断性能，受试者工作特征（receiver operating characteristic, ROC）曲线分析得出的曲线下面积（area under curve, AUC）为0.894（灵敏度：97.0%，特异性：80.5%），内部和外部验证的预测准确率分别为92.00%和97.50%。对于疾病状态区分，活动性AS与稳定性AS比较的AUC为0.951（灵敏度：96.43%，特异性：88.46%），稳定性AS与HCs比较的AUC为0.908（灵敏度：89.29%，特异性：78.57%）。CRP和SAA1的组合显示出诊断AS和区分活动性与稳定性疾病状态的潜力，这可能支持AS患者个性化治疗策略的开发。

细胞外囊泡（extracellular vesicle, EV）衍生的蛋白质组学已成为破译AS中失调的细胞间通讯的强大工具，外泌体蛋白质作为免疫串扰和关节炎症过程的关键介质。Huang等人从30名AS患者和30名HCs的血清样品中分离出EVs。对3名AS患者和3名HCs受试者的EVs蛋白质进行酶解，并通过无标记LC-MS/MS进行蛋白质组学分析以进行谱图分析。总共鉴定出610种蛋白质，包括73种DEPs（31种上调和42种下调）。与Liu等人报道的研究一致，与对照组相比，AS组中观察到更高的SAA1水平，并且结果通过酶联免疫吸附测定（enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA）得到验证。SAA1诊断AS的AUC为0.768（灵敏度：53.0%，特异性：90.0%），最佳截断值为3358.03 ng/ml。这项研究表明，EVs衍生的SAA1高表达可能作为AS的潜在生物标志物。

Hwang等人通过采用一种新型的适体平台来识别血清中的多蛋白诊断特征，进一步推进了AS生物标志物的发现。他们使用SOMAscan?（一种基于适体的发现平台）研究了80份来自生物制剂初治的活动性疾病、非活动性疾病AS患者和HCs（n=26:26:28）的血清样品。SOMAmers（慢解离速率修饰适体）是含有修饰核苷酸的单链DNA适体，与血清中的特定蛋白质结合，然后通过其DNA组分对结合复合物进行定量。通过使用Lasso回归，他们建立了一个包含13种蛋白质的诊断模型来预测AS，这些蛋白质包括免疫球蛋白A（immunoglobulin A, IgA）、补体成分5a（complement component 5a, C5a）、分泌型卷曲相关蛋白1（secreted frizzled-related protein 1, SARP-2）、分泌性白细胞蛋白酶抑制剂（secretory leukocyte peptidase inhibitor, SLPI）、组织蛋白酶A（cathepsin A, CTSA）、神经嗜酸蛋白1（neurexophilin 1, NXPH1）、C-X-C motif趋化因子配体16（C-X-C motif chemokine ligand 16, CXCL16）、白介素6信号转导子（gp130）、补体成分4b（complement component 4b, C4b）、丝切蛋白-1（cofilin-1, CFL1）、细胞粘附分子L1样（cell adhesion molecule L1 like, CHL1）、信号淋巴细胞激活分子家族成员6（signaling lymphocytic activation molecule family member 6, SLAF6）和巨噬细胞甘露糖受体（macrophage mannose receptor, MRC1）。该模型的AUC为0.80（灵敏度：75%，特异性：90.0%），区分AS患者与对照的预测概率为0.79。这些发现强调了多蛋白特征和失调通路作为AS管理潜在诊断工具的价值。

此外，一些研究专注于识别生物标志物以区分AS与相关疾病，如类风湿关节炎（rheumatoid arthritis, RA）和骨关节炎（osteoarthritis, OA）。Lee等人通过LC-MS/MS分析了40份滑液（synovial fluid, SF）样品（来自10名AS患者和30名疾病对照，每组10名，分别为OA、痛风、RA），以识别AS特异性的DEPs。他们发现，与其他疾病组相比，AS患者中有八种蛋白质上调超过1.5倍，包括触珠蛋白（haptoglobin, HP）、基质金属蛋白酶-1（matrix metalloproteinase-1, MMP1）、基质金属蛋白酶-3（matrix metalloproteinase-3, MMP3）、血清淀粉样P成分（serum amyloid P-component, APCS）、补体因子H相关蛋白5（complement factor H-related protein 5, CFHR5）、甘露糖结合凝集素2（mannose-binding lectin 2, MBL2）、补体成分C9（complement component C9, C9）和补体C4-A（complement C4-A, C4A）。此外，Chen等人采用MALDI-TOF MS筛选血清多肽以区分早期骨关节结核和AS。他们鉴定出多个差异表达的多肽峰（m/z 4611.8, 5132.4, 5947.2, 7596.2），其中m/z 5132.4和5947.2在骨关节结核中上调，m/z 4611.8和7596.2在AS中上调。该模型实现了79.02%的总体准确率，单个多肽的灵敏度、特异性和AUC值分别为82.65%、71.11%和0.82-0.83，证明了其区分两种疾病的潜力。

一些研究调查了与AS相关的PTMs失调。例如，Lu等人探索了来自9名新发B²⁷阳性AS患者和9名年龄匹配的HCs的外周血单核细胞（peripheral blood mononuclear cells, PBMCs）的蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱。经过蛋白质酶解和修饰肽段富集后，通过LC-MS/MS鉴定了782个DEPs和527个差异磷酸化蛋白质（differentially phosphorylated proteins, DPPs）。由于其在AS发病机制中的重要作用，他们进一步关注抗原加工和呈递通路，并发现了89种同时存在表达和磷酸化差异的蛋白质。最后，他们发现HSP 90-α（HSP90AA1）、HSP 90-β（HSP90AB1）、HLA I类组织相容性抗原α链E（HLA class I histocompatibility antigen, α chain E, HLA-E）和钙联接蛋白（calnexin, CANX）在AS患者中上调（≥1.5倍）。此外，六个位点在AS中表现出差异磷酸化水平，包括一个上调位点（HSP90AA1_S263, >1.5倍）和五个下调位点（HSP90AB1_S255, HLA-E_357, CANX_S554, CANX_S564, 和 CANX_S583, ≤0.67倍）。然而，该研究使用了混合样品，忽略了患者之间的个体差异。同一研究小组报道的另一项研究扩展了这些发现，使用靶向PRM验证了抗原加工和呈递通路中三种蛋白质（即HSP90AB1、HSP90AA1和热休克同源71 kDa蛋白（heat shock cognate 71 kDa protein, HSPA8））、血小板激活通路中六种蛋白质（即1,4,5-三磷酸肌醇受体1型（inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1, ITPR1）、肌球蛋白轻链激酶（myosin light chain kinase, MYLK）、基质相互作用分子1（stromal interaction molecule 1, STIM1）、酪氨酸蛋白激酶Lyn（tyrosine-protein kinase Lyn, LYN）、丝裂原活化蛋白激酶14（mitogen-activated protein kinase 14, MAPK14）和原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src（proto-oncogene tyrosineprotein kinase Src, SRC））以及白细胞跨内皮迁移通路中十种蛋白质（即肌球蛋白调节轻链12A（myosin regulatory light chain 12A, MYL12A）、肌球蛋白调节轻多肽9（myosin regulatory light polypeptide 9, MYL9）、Rho相关蛋白激酶2（rho-associated protein kinase 2, ROCK2）、α-辅肌动蛋白-4（alpha-actinin-4, ACTN4）、基质金属蛋白酶-9（matrix metalloproteinase-9, MMP9）、蛋白激酶C β型（protein kinase C beta type, PRKCB）、 vinculin（VCL）、α-辅肌动蛋白-1（alpha-actinin-1, ACTN1）、血小板内皮细胞粘附分子（platelet endothelial cell adhesion molecule, PECAM1）和整合素α-M（integrin alpha-M, ITGAM））的丰度。这些蛋白质可能作为AS诊断的候选标志物和新的治疗靶点。

Liu等人研究了大队列脊柱关节炎患者中血浆IgG半乳糖基化（IgG galactosylation, IgG-Gal）作为与基于MRI的炎症评分相关的潜在生物标志物。该研究共招募了558名脊柱关节炎患者，包括527名AS患者、10名银屑病关节炎（psoriasis arthritis, PsA）患者和21名非放射性中轴型脊柱关节炎（non-radiographic SpA, nr-SpA）患者，以及725名对照。通过PNGase F释放血浆样品中IgG的N-聚糖，并通过MALDI-TOF MS进行分析。三个最突出的已鉴定聚糖是双天线、核心岩藻糖基化结构，分别带有两个、一个和零个半乳糖残基，称为G2、G1和G0。IgG-Gal比率使用公式G0/(G1+G2×2)通过G0、G1和G2的相对强度计算。结果显示，AS患者的IgG-Gal比率是对照组的两倍，并且该比率根据加拿大脊柱关节炎研究协会（Spondyloarthritis Research Consortium of Canada, SPARCC）的标准与MRI的炎症指数 strongly correlated。通过对65名接受TNF阻断剂治疗超过6个月的AS患者进行随访，他们发现基线时IgG-Gal比率较高的AS患者在3个月和6个月的随访中往往表现出MRI炎症评分的更大改善。它可能被用作疾病监测的潜在生物标志物。

尽管来自AS患者的组织样品稀缺且通常来自晚期病例，但少数研究利用这些稀有样本来揭示局部疾病机制。例如，Yu等人使用无标记LC-MS/MS分析了从接受髋关节置换术的患者收集的12份韧带样品的蛋白质组谱。AS组包括6名AS合并髋关节病的患者，非AS组包括6名无菌性股骨头坏死（aseptic femoral head necrosis, AFHN）的患者。总共鉴定出3,755种蛋白质和193种DEPs（49种上调蛋白质和144种下调蛋白质）。髓过氧化物酶（myeloperoxidase, MPO）作为参与吞噬体通路的关键蛋白在AS组中上调。进一步的机制研究表明，MPO的过表达促进成纤维细胞炎症反应，并可能通过吞噬体通路驱动AS受累髋关节的自身免疫炎症反应。

一些研究表明，关节炎患者脑脊液（cerebrospinal fluid, CSF）中炎症标志物的存在与疲劳呈正相关，疲劳是一种与中枢神经系统（central nervous system, CNS）相关的症状，可通过TNF阻断缓解。这些发现暗示CNS炎症可能在关节炎中起作用，并且TNF阻断可能影响这一过程。基于这些见解，Estelius等人通过LC-MS/MS研究了TNF阻断对关节炎患者CSF蛋白质组的影响，并确定了候选蛋白质与疾病活动性和炎症临床指标之间的关系。分析了7名多关节炎患者（包括1名AS、3名RA、1名PsA和2名幼年慢性关节炎（juvenile chronic arthritis, JCA））在英夫利西单抗治疗前和治疗8周后的CSF样品。此外，从年龄和性别匹配的非炎症性神经系统疾病（non-inflammatory neurological diseases, NINDC）患者中获取了10份CSF样品作为对照。通过无标记蛋白质组学数据的单变量分析和多变量分析，确定了关节炎患者英夫利西单抗治疗后CSF中显著改变的以下七种蛋白质：接触蛋白-1（contactin-1, CNTN1）、纤维蛋白原γ链（fibrinogen gamma chain, FGG）、血红素结合蛋白（hemopexin, HPX）、细胞粘附分子-3（cell adhesion molecule-3, CADM3）、α-1B-糖蛋白（alpha-1B-glycoprotein, A1BG）、补体因子B（complement factor B, CFB）和β-2-微球蛋白（beta-2-microglobulin, B2M）。FGG和CFB与全身炎症和残疾评分 strongly correlated，而CNTN1和CADM3与疼痛相关。研究结果表明，TNF阻断可能调节与中枢神经系统相关的炎症通路。

肽组学是筛选HLA相关肽的强大工具。Zhang等人旨在使用LC-MS/MS识别AS患者中的差异表达肽段，以探索其功能作用。处理来自3名AS患者和3名HCs的血浆样品，肽段通过10-kDa超滤管进行预过滤。结果揭示了52种差异肽段（44种上调，8种下调），其中FGA-肽段（DSGEGDFLAEGGGVRGPR）、C4A-肽段（NGFKSHAL）和TUBB-肽段（ISEQFTAMFR）通过肽段合成和体外细胞实验显示出显著的成纤维细胞增殖促进作用。生物信息学分析进一步将这些肽段与HLA I类结合和致病