印度发酵食品来源潜在益生菌戊糖片球菌GS4全基因组测序与功能注释研究

来自印度的研究人员对从传统发酵食品Khadi中分离的潜在益生菌戊糖片球菌GS4进行了全基因组测序研究，通过Ion Torrent平台完成1.6 Mb基因组组装与功能注释，发现其具有胆固醇同化、抗氧化及抗癌等益生特性，为开发新型益生菌制剂提供遗传学基础。

　　

研究人员报道了从印度传统发酵食品Khadi（卡迪）中分离的革兰氏阳性潜在益生菌——戊糖片球菌（Pediococcus pentosaceus）GS4菌株的全基因组测序成果。该菌株此前已通过体外实验和小鼠研究证实其益生潜力。

基因组测序使用Ion Torrent S5系统（赛默飞世尔科技）完成，获得5,425,637条读长（reads），平均读长为190 bp。经SPAdes软件组装后得到1.6 Mb的基因组序列，包含114个重叠群（contigs），N50值为19,789 bp，GC含量为37.11%，测序覆盖度约为627倍。通过NCBI原核基因组注释管道（PGAP）鉴定出1,788个编码序列和1,816个基因，其中379个为移码蛋白。CheckM分析显示基因组完整度为65.36%。与戊糖片球菌MIANGUAN菌株（登录号NZ_CP156667.1）的平均核苷酸一致性（ANI）为99.57%。

该菌株具有多重益生特性：耐受胃酸和胆盐、展现抗氧化（3）、抗菌（4）、细胞粘附（5）能力；可生物氢化必需脂肪酸（6）、同化胆固醇（2）、诱导细胞系凋亡（7），并能缓解小鼠偶氮甲烷诱导的结肠癌和镉中毒（8,9）。其16S rRNA序列已保存于GenBank（登录号HM044322）。

基因组DNA提取采用PureLink?基因组DNA迷你试剂盒，文库构建使用Ion Xpress Plus片段文库试剂盒。质量控制通过FastQC和Torrent Suite?软件完成。研究团队感谢博斯研究所（Kolkata）的技术支持及韦洛尔理工学院（VIT）的研究资源支撑。