利用3VmrMLM方法检测陆地棉株高QTN及QTN-环境互作(QEI)

　　

摘要： 株高是棉花重要的株型性状，与棉花产量和机械化采收密切相关。本研究以340份陆地棉品种(系)为材料，利用CottonSNP80K芯片和3VmrMLM方法对6个环境(5个单环境和1个多环境)的株高进行了全基因组关联分析，鉴定QTN及QTN-环境互作(QEI)。基因分型获得47,959个多态性SNP标记，这些标记将所有材料分为2个亚群。表型分析结果显示，株高在各环境呈广泛连续变异，基因型方差、环境方差及基因型-环境互作方差均达极显著水平。6个环境共检测到111个与株高相关的QTN，其中TM66913(D08)和TM79201 (D12) 2个稳定的QTN至少在3个环境中同时被检测到；5个QTN与前人报道的QTL/标记位点重叠。对2个稳定的QTN附近基因的功能富集分析发现，3个基因GH_D08G0118、GH_D08G0131和GH_D12G1786同时显著富集在GO和KEGG中，其中GH_D08G0118在陆地棉TM-1的茎中有较高表达。本研究检测到8个QEI，其中3个QEI为显著互作。对显著位点附近基因的功能富集分析发现，涉及15个基因的GO条目和涉及2个基因的KEGG通路被显著富集，GH_D08G1507在TM-1的茎中有较高表达。利用3VmrMLM方法检测到许多小效应位点，部分解决了复杂性状“遗传率丢失”问题。本研究检测到的QTN和QEI及其效应，为深入解析陆地棉株高的遗传基础提供了新视角，也为通过分子设计培育适宜株高的棉花品种提供了重要信息。