基于链读测序技术的临床样本体细胞变异高灵敏高分辨率检测新方法及其在肿瘤基因组学中的应用

来自10x Genomics等机构的研究人员开发了LinkPrep?链读测序技术，实现了对结构变异(SVs)、拷贝数变异(CNVs)和单核苷酸变异(SNVs)的统一检测。该技术在多种癌症样本中展现出与全基因组测序(WGS)高度一致性（CNV相关性>89%，SNV/InDel重叠率>92%），并能检测低至1%变异等位基因频率的SV，为低肿瘤含量样本的精准基因组分析提供了突破性解决方案。

　　

通过DNA近端连接技术优化的LinkPrep?链读测序(linked-reads NGS)技术，实现了对结构变异(SVs)、拷贝数变异(CNVs)和单核苷酸变异(SNVs/InDels)的统一检测。该技术在导管癌(HCC1187)、髓系白血病(K562)细胞系以及卵巢浆液性腺癌、转移性卵巢癌和鼻腔骨肉瘤临床样本中验证显示：与全基因组测序(WGS)相比，CNVs检测相关性超过89%，SV检测具有更优的平均读长支持和稳健的F1分数，SNVs/InDels检测重叠率超过92%。特别值得注意的是，该技术能检测到WGS遗漏的低至1%变异等位基因频率(SV VAF)的高置信度SVs，并可将SV断点精确定位至碱基对分辨率。这些突破为肿瘤生物学研究和转化医学提供了前所未有的高灵敏度、高分辨率基因组分析工具。