计算评估Bunium brachyactis衍生物作为DENV3 NS5 RdRp抑制剂的效果：ADMET、DFT、对接分析及动力学研究

登革病毒缺乏有效抗病毒疗法，本研究以NS5 RdRp为靶点，从Bunium brachyactis中筛选出70种植物化学成分，通过分子对接、DFT、MD等计算分析发现黄酮类和香豆素类化合物（如Luteolin、Flavone、Scopoletin）具有强效抑制活性及稳定结合结构，为开发抗登革药物提供候选分子。

　　

摘要

登革热病毒（DENV）主要由Aedes aegypti和Aedes albopictus蚊子传播，由于缺乏有效的抗病毒疗法，它仍然是一个重大的全球健康问题。RNA依赖性RNA聚合酶（NS5 RdRp）是一个经过验证的治疗靶点，因为它在病毒复制中起着关键作用，并且人类没有相应的同源物。在这项研究中，从Bunium brachyactis中筛选出了70种植物化学物质，以寻找潜在的DENV3 NS5 RdRp抑制剂。研究流程结合了分子对接、ADMET分析、B3LYP/6–31G(d,p)水平的密度泛函理论（DFT）计算、分子动力学（MD）模拟、MM-GBSA自由能计算以及自由能景观（FEL）分析。对接结果显示，黄酮类和香豆素类化合物的结合亲和力比参考配体（B5C）更强。值得注意的是，Luteolin、Flavone和Scopoletin表现出较高的对接分数和类药药代动力学特性。MD模拟证实了它们与RdRp复合物的结构稳定性，这一结果得到了RMSD、RMSF、Rg、SASA和氢键分析的支持。DFT结果表明，这些化合物的HOMO–LUMO能隙较小，柔韧性较高，表明它们具有更好的电荷转移潜力。MM-GBSA和FEL分析进一步验证了它们在催化口袋中的稳定结合。总体而言，本研究强调了B. brachyactis中的植物化学物质，特别是Luteolin、Flavone和Scopoletin，作为开发登革热抗病毒药物的有希望的骨架，需要进一步的实验验证。

图形摘要

登革热病毒（DENV）由蚊子传播，目前缺乏有效的抗病毒药物，因此NS5 RdRp成为关键的治疗靶点。通过对70种Bunium brachyactis植物化学物质进行计算筛选，包括对接、ADMET、DFT、MD、MM-GBSA和FEL分析，发现黄酮类和香豆素类化合物（尤其是Luteolin、Flavone和Scopoletin）具有稳定的RdRp结合能力和类药特性，显示出作为登革热抗病毒药物骨架的潜力。

利益冲突

作者声明没有利益冲突。