对不同水稻基因组注释进行比较分析，以在计算机上验证预测的启动子序列的效果

《Doklady Biochemistry and Biophysics》：Effect of a Comparative Analysis of Different Annotations of the Oryza sativa Rice Genome for In Silico Verification of Predicted Promoter Sequences

启动子预测方法MAHDS在水稻基因组中的应用研究。通过对比RefSeq NCBI、Rice GenomeAnnotation Project和Ensembl三个基因组注释数据，发现部分预测启动子靠近已知基因，提示潜在功能关联。剩余序列经YAPP分析显示均含有Inr或TATA核心启动子元件，组合模式预示高转录活性。研究验证MAHDS方法可靠性，其预测结果与基因组注释及CAGE-seq信号高度一致。

　　

摘要—

在本研究中，使用三种基因组注释工具（RefSeq NCBI、Rice Genome Annotation Project 和 Ensembl）分析了通过 MAHDS 方法预测的 Oryza sativa 基因组中的启动子序列。部分预测的启动子位于已注释基因附近，这表明它们可能具有功能作用。其余序列被视为潜在的新调控元件，通过 YAPP 工具检测其是否包含核心启动子基序及其功能组合。所有分析的预测启动子都包含 Inr 或 TATA 基序——这些是参与转录起始的关键元件。识别的基序组合表明这些序列具有较高的转录活性可能性，且结果与已注释数据及 CAGE-seq 信号的一致性进一步支持了 MAHDS 方法的可靠性和适用性。