大菱鲆圆环病毒TurCV10LN-18/2021全基因组测序及其与急性出血综合征的关联性研究

来自中国的研究团队针对养殖大菱鲆新兴急性出血综合征（EAHS）的病原学问题，完成了大菱鲆圆环病毒（TurCV）毒株TurCV10LN-18/2021的全基因组测序，揭示了其基因组特征和系统进化地位，为开展圆环病毒流行病学研究提供了关键分子基础。

　　

研究人员报道了从中国辽宁地区患病大菱鲆（Scophthalmus maximus）中检测到的大菱鲆圆环病毒（Turbot circovirus, TurCV）毒株TurCV10LN-18/2021的全基因组序列。该病毒与养殖大菱鲆中新兴的急性出血综合征（Emerging Acute Hemorrhagic Syndrome, EAHS）密切相关。

圆环病毒科（Circoviridae）病毒是一类无包膜的单链环状DNA病毒，是目前已知最小的动植物感染病毒，包括Gyrovirus和Circovirus两个属。鱼类圆环病毒的相关研究极为有限，截至目前仅在三种鱼类中检测到完整的圆环病毒基因组。

本研究从患有EAHS的大菱鲆心脏、脾脏和肾脏混合组织中提取病毒，通过珠磨匀浆和离心初步纯化病毒悬液。随后利用TIANamp基因组DNA提取试剂盒提取病毒基因组DNA，并采用针对保守区域设计的引物进行PCR扩增（见表1）。通过重叠测序和克隆测序策略，最终利用DNASTAR软件完成基因组拼接。

该病毒基因组全长为1,774个核苷酸，GC含量为49.0%。共预测出三个开放阅读框（ORF）：ORF1（30–962 nt）编码310个氨基酸的复制相关蛋白（Rep）；ORF2（1,073–1,768 nt）编码231个氨基酸的蛋白；ORF3（1,580–105 nt）编码99个氨基酸的蛋白。

系统进化分析显示，TurCV与已知的圆环病毒（如PCV1、PCV2、GoCV、DuCV等）亲缘关系较远，与鸭圆环病毒（DuCV）株的核苷酸同源性仅为67.52%–72.50%。该研究首次报道了大菱鲆圆环病毒的全基因组序列，为深入研究其分子特性及致病机制奠定了基础。

本研究得到了国家重点研发计划（2022YFE0101200、2023YFD2400702）、国家现代农业产业技术体系（CARS-47）及国家自然科学基金（32373182）的资助。