佛罗里达双壳类鳃组织来源 Gracilimonas sp. BCB1 菌株的基因组草图解析及其生态意义

来自美国佛罗里达大学的研究团队针对Lucinidae双壳类鳃组织内未培养细菌展开研究，通过分离培养与纳米孔测序技术首次获得Gracilimonas sp. BCB1菌株的基因组草图。该3.3 Mb基因组（GC含量44%）经GTDB-Tk鉴定为Gracilimonas sp040117685，与G. sediminicola ANI值仅86%，为海洋共生微生物进化与生态功能研究提供重要遗传资源。

　　

研究人员从美国佛罗里达州皮内拉斯县 Boca Ciega 湾海草床中 Stewartia floridana 双壳类的鳃组织分离出 Gracilimonas sp. 菌株 BCB1，并完成其基因组草图测序。该研究通过手持挖掘采集活体双壳类，使用 0.2 μm 过滤的 35 g/L 人工海水（Instant Ocean）冲洗鳃组织，采用 BD Difco 2216 海洋琼脂培养基在 22°C 黑暗环境下培养 2 天后获得粉红色革兰氏阴性菌落。通过通用引物 27F 和 1492R 进行 16S rRNA 基因测序，显示与 Gracilimonas sediminicola 菌株 CAU 1638（登录号 MW132416.1）有 99% 一致性。

采用牛津纳米孔技术（Oxford Nanopore Technologies, ONT）GridION R10.4.1 测序平台对随机挑选菌落进行全基因组测序，使用 Flye v.2.9.4 完成组装并经 medaka v.1.9.1 抛光。获得大小为 3.3 Mb 的基因组草图，包含 18 个重叠群（contig），N₅₀ 为 248.8 kb，GC 含量 44%，编码 2,886 个蛋白质基因。CheckM2 评估显示基因组完整度 97.47%，污染率 0.15%。通过 GTDB-Tk v2.4.0 分类为 Gracilimonas sp040117685，与 G. sediminicola 参考菌株的平均核苷酸一致性（ANI）为 86%。该研究为揭示海洋无脊椎动物-微生物共生机制提供了关键基因组资源。

研究获得佛罗里达鱼类与野生动物保护委员会特别活动许可（SAL-22-2495B-SR）及美国国家科学基金会（ award OCE-2219547）资助。