摩洛哥Maamora森林中Ononis repens根瘤内中慢生根瘤菌ORM16菌株的完整基因组测序及其系统发育独特性研究

来自摩洛哥的研究人员通过对野生豆科植物Ononis repens根瘤中分离的Mesorhizobium sp. ORM16菌株开展完整基因组测序研究，揭示了该菌株在系统发育上的独特性。研究完成了染色体和质粒的高质量组装与功能注释，鉴定出6585个CDS及多个RNA基因，并将固氮结瘤基因定位于染色体。ANI分析显示其与Mesorhizobium opportunistum WSM2075T相似度仅为87.23%，表明可能为新物种。该研究为地中海森林植物-微生物互作机制提供了新见解，对根瘤菌分类学和生物固氮应用具有重要价值。

　　

研究人员从摩洛哥Maamora栓皮栎森林（地理位置：34.027416°N, 6.691070°W）的刺芒柄花（Ononis repens）根瘤中分离得到一株中慢生根瘤菌（Mesorhizobium sp.）ORM16。通过根瘤诱捕法采集样本后，使用0.1%氯化汞（HgCl₂）进行表面消毒，研磨后接种于YEMA培养基，28°C培养获得纯菌株。

基因组DNA通过PureLink试剂盒从TY培养基培养物中提取，采用牛津纳米孔技术（ONT）的Rapid Barcoding Kit（SQK-RBK004）构建文库，使用GridION X5测序平台和FLO-MIN106D（R9.4.1）流动芯片进行72小时测序。原始62,904条读长经Porechop去接头和NanoFilt过滤（去除<100 bp序列）后，获得58,611条高质量读长。

使用Flye进行从头组装（de novo assembly）获得2个contig，经过Racon四轮纠错和Medaka抛光后，最终得到6,633,211 bp的环形染色体（GC含量63%）和119,439 bp的环形质粒（GC含量60.5%）。通过NCBI原核基因组注释管道（PGAP）鉴定出6,585个编码序列（CDS）、6个rRNA、51个tRNA和1个tmRNA，其中固氮（nitrogen fixation）和结瘤（nodulation）相关基因位于染色体上。

平均核苷酸一致性（ANI）分析显示，该菌株与最近似模式菌株Mesorhizobium opportunistum WSM2075^T的相似度仅为87.23%，证实其属于中慢生根瘤菌属内一个新颖的进化分支。基因组数据已存入NCBI数据库（BioSample: SAMN44467667, BioProject: PRJNA1178300），组装编号为GCF_044998965.1。

该研究揭示了一个具有独特基因组特征的根瘤菌新资源，对深入理解地中海生态系统中植物-微生物共生机制、拓展根瘤菌分类学认知以及开发新型生物固氮技术具有重要意义。