QIIME 2整合分析发酵饲料对不同动物肠道微生物群落的影响

　　 摘要:

肠道微生物群落是调控动物健康的关键因素，其结构和功能可被发酵饲料显著影响。然而，目前缺乏跨物种比较研究，限制了对发酵饲料共性调控机制的理解。 目的 整合多物种数据，解析发酵饲料对肠道菌群的跨物种调控规律，揭示功能优化的普遍性与宿主特异性机制。 方法 整合猪、牛、鸡、鹅的464个肠道微生物组数据，分别采用α/β多样性、线性判别效应分析(linear discriminant analysis effect size, LEfSe)、BugBase及网络分析，评估发酵饲料组和对照组间的肠道微生物多样性、差异菌属、潜在致病性和互作关系。 结果 发酵饲料显著降低了单胃动物(猪、鸡、鹅)肠道微生物的α多样性；不同动物肠道微生物群落的β多样性无显著变化，但发酵饲料组显著富集益生菌[如乳杆菌属(Lactobacillus)和粪杆菌属(Faecalibacterium)]，抑制了致病菌[如弯曲杆菌属(Campylobacter)、短螺菌属(Brachyspira)]，潜在致病性降低。网络分析显示发酵饲料组的连接度、网络密度提高，模块化降低，群落协同性增强。物种特异性分析表明，猪、牛、鸡分别富集了乳杆菌属(Lactobacillus)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、解黄酮菌属(Flavonifractor)等不同的益生菌，体现了宿主特异性响应。 结论 发酵饲料通过共性响应优化结合物种特异性响应模式调控肠道菌群，选择性富集关键菌群以增强特定功能、降低致病性，为发酵饲料共性技术的开发提供理论依据。