植物核弹状病毒隐多样性挖掘：47种新病毒的基因组特征与进化动力学揭示

本文通过挖掘公共转录组数据库（SRA），系统鉴定出47种新型核弹状病毒（nucleorhabdoviruses），显著扩展了该病毒群的宿主范围与分类框架，为植物负链RNA病毒（负义单链RNA, -ssRNA）的进化与生态研究提供了关键数据支撑。

　　

Highlight

通过系统性挖掘公共数据库，本研究揭示了47种具有核弹状病毒典型遗传特征的新型病毒，显著拓展了我们对植物相关弹状病毒（rhabdoviruses）多样性与进化历程的认识。

Identification of nucleorhabdovirus-like sequences from public plant RNA-seq datasets

我们利用Serratus Explorer工具对Serratus数据库进行了分析，以NCBI Refseq数据库中核弹状病毒的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP）蛋白作为查询序列。筛选出与查询序列匹配（比对一致性 > 45%；得分 > 10）的SRA文库进行深入分析。同时，我们还评估了NCBI转录组组装数据库（TSA），使用对应RdRP的氨基酸序列进行同源搜索。

Summary of discovered viral sequences

绝大多数核弹状病毒很可能不会在宿主中引起明显症状，这一现象在之前关于varicosaviruses和cytorhabdoviruses的研究中已有报道。该假设得到多项近期高通量测序（HTS）研究的支持，这些研究在表观无症状的植物中鉴定出了核弹状病毒。

Conclusions

本研究是我们通过数据挖掘探索植物相关弹状病毒隐多样性三部曲的终章，凸显了分析公共SRA数据的巨大价值。该策略不仅加速了新弹状病毒的发现，也深化了我们对它们进化历史的认知并完善了其分类框架。