四指马鲅TRAF基因家族分子鉴定与表达谱解析：揭示其介导先天免疫防御的新机制

本研究首次在四指马鲅（Eleutheronema tetradactylum）中系统性鉴定出8个TRAF家族基因，通过结构域保守性分析、组织表达谱和LPS刺激实验，揭示EtTRAFs在鱼类先天免疫（特别是NF-κB信号通路）中的核心调控作用，为硬骨鱼类TRAF介导的免疫信号转导机制提供重要理论依据。

　　

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Identification and analysis of EtTRAF genes

为全面鉴定四指马鲅TRAF基因家族成员，研究采用双重策略：首先从Pfam数据库获取zf-TRAF（PF02176）和MATH（PF00917）结构域的隐马尔可夫模型（HMM）图谱，以E值<0.05为阈值筛选实验室组装的四指马鲅基因组（NCBI: JBIEKL000000000）；同时利用已知物种TRAF蛋白序列进行BLASTP同源搜索，确保基因家族的完整挖掘。

Identification and analysis of TRAF genes in E. tetradactylum

通过全基因组扫描共鉴定到8个TRAF家族成员，分别命名为EtTRAF2a、EtTRAF2b、EtTRAF2-like、EtTRAF3、EtTRAF4a、EtTRAF5、EtTRAF6和EtTRAF7。生物信息学分析显示这些蛋白均保留C端MATH结构域和N端RING结构域（EtTRAF7除外），其中EtTRAF7独特地包含7个WD40重复单元。理化性质分析表明EtTRAFs的分子量介于51.98-87.38 kDa，等电点分布范围为5.72-8.36（详见表2）。

Discussion

TRAF家族作为关键信号转导器，通过兼具转录因子和衔接蛋白的双重功能调控免疫应答。本研究通过系统进化树、基因结构和保守基序分析，证实四指马鲅TRAF基因与哺乳动物直系同源基因高度保守。组织表达谱显示EtTRAFs在肝和鳃中高表达，暗示其在黏膜免疫中的潜在功能。LPS刺激后EtTRAFs的时序性表达变化进一步支持其参与革兰氏阴性菌免疫防御的调控网络。

Conclusion

本研究首次在四指马鲅中完整鉴定TRAF基因家族，通过多维度证据（系统进化、结构域保守性、表达模式）阐明其在先天免疫中的重要作用，为硬骨鱼类TRAF介导的信号通路机制研究奠定基础。