深挖蛋白组学，提升质谱数据，AFA聚焦超声重塑蛋白样本制备金标准！

样品制备对科研和临床领域的数据质量影响显著。对于蛋白质组学样品制备尤其如此，因为蛋白质组是一个极其多样化的大分子群落，浓度范围极广，且无法扩增。美国Covaris公司提供基于AFA（Adaptive Focused Acoustics）聚焦式超声技术为核心的蛋白样本制备方案，为质谱前蛋白样品制备提供准确、可重复的样品制备解决方案，以非接触式、高效蛋白提取和处理提升蛋白组学数据、提高工作效率。

一、AFA处理小鼠脑组织比探头超声法多鉴定出3208种蛋白

爱荷华大学卡弗医学院研究团队在一项衰老对小鼠 Willis 环脑动脉蛋白质表达和相对丰度的影响研究中发现，使用Covaris AFA技术对小鼠脑组织进行裂解和蛋白提取后进行蛋白质谱分析，在CoW动脉中共鉴定到6874种蛋白质，较于之前使用探头超声提取蛋白的方法相比，新鉴定到3208种蛋白质。

Subramanian V, Juhr D, Johnson LS et al., Changes in the Proteome of the Circle of Willis during Aging Reveal Signatures of Vascular Disease. Oxid Med Cell Longev. 2024 Jun 26;2024:4887877. doi:  10.1155/2024/4887877. PMID: 38962180; PMCID: PMC11221951.

二、AFA处理人脑FFPE样本鉴定出更多蛋白种类(超过10000种)

德国慕尼黑工业大学生科院研究团队在一项高通量人脑蛋白组学研究中，使用R230 AFA聚焦超声系统裂解人FFPE脑组织进行蛋白提取后进行质谱分析，所有13个脑区都实现了深度蛋白质组覆盖，平均每个组织中鉴定出 9,498 种蛋白质和 98,434 种肽，所有区域共检测到 11,325 种蛋白质。比之前使用的Bioruptor水浴超声蛋白提取方法多鉴定出6000多种蛋白。

Johanna Tüshaus et al, A region-resolved proteomic map of the human brain enabled by high-throughput proteomics. EMBO J. 2023 Dec; 42(23): e114665.

三、Covaris蛋白提取方案处理FFPE样本后蛋白得率和质谱数据更优

在Covaris的一项对比实验中，针对高蜡样本：只有Covaris truPREP FFPE蛋白提取试剂盒能提取出蛋白(A)；针对低蜡样本: Covaris提取相比于其它方法蛋白质得率多2.3倍(B);使用Covaris truPREP FFPE 蛋白试剂盒制备的肽, LC-MS 数据比其它方法蛋白质鉴定多12% (C)。

四、AFA用于新鲜冰冻和FFPE样本蛋白提取，比珠子研磨方法鉴定出更多的蛋白种类

新鲜冰冻小鼠脑、胰腺以及人FFPE肾脏10μm蜡卷，使用AFA聚焦式超声蛋白提取，与珠子研磨方法相比，质谱鉴定出的蛋白质种类更多。

Data Courtesy of John Wilson of PROTIFI LLC from poster presented at 2018 HUPO

AFA技术以极低的能量输入获得良好的处理效果，避免传统超声能量过剩可能 引起的样本处理过度及热损伤，为样本处理提供高效可控、重复性优良、温度恒定及无污染处理条件。

Covaris提供自动化、标准化、高通量样本制备流程，可与其它第三方工作站(比如Agilent Bravo、Tecan等)整合，实现从FFPE、新鲜冰冻组织、细胞等初试样本到LC-MS级别注射用肽的工作流程，为用户提供高重复、高质量的蛋白组学数据。

基因有限公司是美国AFA聚焦式超声系统的全国代理商，负责仪器以及相关应用配套方案的售前咨询、售后仪器安装、应用培训等事宜。如果老师感兴趣的话，欢迎随时与我们联系！