《The FASEB Journal》：Multi-Omic Profiling of T Cell-Mediated Rejection After Kidney Transplantation Reveals B Cell Receptor Repertoire Expansion and Its Prognostic Relevance
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本研究首次通过多组学整合分析（包括bulk/scRNA-seq）揭示肾移植T细胞介导排斥反应（TCMR）中B细胞受体（BCR）库显著扩增（尤其IgG亚型），发现浸润浆细胞是移植物内BCR主要载体且为独立预后风险因子，并鉴定出浆细胞成熟关键基因MEI1可调控抗体分泌，为TCMR提供了新型治疗靶点。
引言
T细胞介导排斥反应（TCMR）是肾移植后的严重并发症，现有免疫抑制方案对部分患者疗效不足。尽管T细胞在TCMR中的核心作用已被广泛认知，但B细胞及B细胞受体（BCR）在TCMR中的作用长期被忽视。近年研究发现TCMR活检组织中存在显著B细胞浸润，但其机制不明。本研究首次通过多组学数据系统描绘TCMR中BCR免疫库景观，旨在揭示新的治疗靶点。
方法
研究整合11个独立数据集（包括bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、微阵列芯片及临床活检样本），利用TRUST4算法构建BCR repertoire，通过CIBERSORT-ABS评估免疫细胞浸润，结合差异表达分析、基因集富集分析（GSEA）、单细胞轨迹分析及体外实验（CRISPR-Cas9基因敲除、LPS刺激人浆细胞系LP-1）验证关键基因功能。
结果
3.1 BCR repertoire在TCMR移植物中的扩增特征
在bulk RNA-seq数据集（GSE131179）中，TCMR组BCR克隆总数较稳定功能组（STA）扩增约38倍，其中重链（尤其IGHG）及轻链绝对丰度显著升高（p?<?0.0001）。IGHG亚类中IGHG1占比最高（91.9%），其克隆多样性（CPK指标）在TCMR中显著增加。在包含抗体介导排斥（ABMR）的验证队列（GSE232825）中，TCMR与慢性活动性ABMR均显示BCR扩增，但特异性IGHV基因谱存在差异。
3.2 浆细胞是TCMR中BCR的主要表达细胞
单细胞RNA-seq数据（PRJNA974568）显示，浆细胞虽数量少，但其BCR绝对丰度显著高于 na?ve B 与记忆B细胞（约182倍）。BCR重链中IGHG占比达68%，IGHG1占主导。IGHV基因分析发现IGHV3-23、IGHV3-30在TCMR中一致性高表达。
3.3 浆细胞浸润与预后不良相关
五组TCMR数据集均显示浆细胞浸润评分显著高于STA组（p?<?0.05）。临床活检样本免疫荧光染色证实TCMR组织存在IRF4+浆细胞浸润（STA中缺失），且浸润阳性患者移植肾功能恶化风险显著升高（p?=?0.0011）。多因素Cox回归分析（GSE21374）表明浆细胞高浸润是移植生存的独立风险因素。
3.4 MEI1作为BCR相关关键基因的鉴定
通过整合IGHG丰度相关基因、CPK相关基因及差异表达基因，筛选出MEI1（与IGHG丰度正相关R?=?0.891，与CPK负相关R?=??0.703）。MEI1在TCMR组织中表达显著上调（p?<?0.0001），且在多个独立队列中验证。单细胞水平显示MEI1特异高表达于浆细胞，其阳性细胞中IGHG1丰度更高。GSEA提示MEI1高表达富集于免疫球蛋白复合物通路。
3.5 MEI1调控抗体分泌功能
浆细胞伪时间分析显示MEI1随细胞成熟逐渐上调。体外实验中，LPS刺激可显著提升LP-1细胞MEI1表达及抗体分泌，而CRISPR-Cas9敲除MEI1后抗体分泌能力受损，证实MEI1在浆细胞抗体产生中的直接作用。
讨论
本研究首次系统揭示TCMR中BCR repertoire的显著扩增（以IgG1为主导），明确浆细胞为BCR主要载体，其浸润水平与预后不良相关。基因MEI1作为新型调控因子，通过促进浆细胞成熟与抗体分泌参与TCMR进程。这些发现为理解TCMR中体液免疫的协同作用提供了新视角，并为开发靶向浆细胞/BCR的治疗策略奠定基础。
结论
多组学分析表明BCR repertoire扩增、浆细胞浸润及MEI1基因是TCMR的关键特征，具有重要临床预后价值及治疗靶点潜力。
