Actinidia melliana（Actinidiaceae科）完整叶绿体基因组的特征分析

《Mitochondrial DNA Part B》：Characterization of the complete chloroplast genome of Actinidia melliana (Actinidiaceae)

该研究首次完成野生猕猴桃亲缘种A. melliana的叶绿体基因组测序，揭示其基因组结构（156,159 bp）及133个注释基因，通过系统发育分析确认其与A. cylindrica亲缘关系最近，为猕猴桃属分类和遗传多样性研究提供新资源。

　　
该研究首次完整测序了猕猴桃属中野生近缘种 Actinidia melliana 的叶绿体基因组，为揭示该属物种系统演化提供了关键分子证据。基因组总长156,159碱基对，呈现典型的四分体结构，包含两个单拷贝区（LSC 90,525 bp，SSC 20,578 bp）和两个反向重复区（各22,528 bp），其GC含量37.3%与已知猕猴桃属物种（35.0-37.5%）基本一致。研究鉴定出133个基因，包括84个蛋白质编码基因、41个tRNA和8个rRNA，其中rps12基因具有独特的三外显子转录特征，12个蛋白质编码基因存在跨内含子剪切现象，这些发现均与该属其他物种形成对比。

在系统发育分析中，整合28个近缘物种的叶绿体基因组数据，构建最大似然树状图显示 Actinidia melliana 与 A. cylindrica var. cylindrica 亲缘关系最近。该物种与模式种 A. chinensis、栽培种 A. deliciosa 等形成独立演化支，其演化地位得到100%置信度的统计学支持。值得注意的是，该物种基因组包含其他物种未见的tRNA基因数目，暗示可能存在特定代谢调控机制。通过对比不同测序技术（PacBio长读测序与Illumina短读测序）组装的基因组序列，发现长度差异（115 bp）可能源于技术误差或真实遗传变异，但二者99.92%的序列一致性强烈支持为同一物种。

该研究首次明确了 Actinidia melliana 的系统演化位置，解决了该物种分类混乱的问题。其独特的基因组成特征包括：比A. cylindrica多出1个rps12基因拷贝、2个tRNA基因及1个蛋白质编码基因，这些遗传变异可能与其适应山地林下特殊生境有关。研究同时发现该物种在广东、湖南等地的分布存在片段化特征，与地理隔离导致的遗传分化形成呼应。叶绿体基因组中高达44.7%的GC含量集中在反向重复区，这一结构特征在 Actinidiaceae 中具有特殊性，可能与叶绿体基因组自我修复机制相关。

该成果为猕猴桃属物种的分子鉴定提供了标准化参考序列，其系统发育树状图已整合到iTOOL可视化平台（图3），为后续分子标记开发奠定了基础。特别在保护生物学应用方面，基因组中发现的独特tRNA基因序列可作为该物种的分子鉴别标志物，有效区分同属其他近缘种。研究团队已建立标准化样本库（编号RY-41），保存了原始测序数据及生物学标本，为后续功能基因组学研究提供了物质基础。该成果已被GenBank收录（PX646816），相关数据通过SRA平台（SRR35198340）开放获取，实现了科学数据的共享与验证。