通过起始密码子靶向（SCoT）标记系统探索牛至（Origanum rotundifolium L.）基因型的遗传多样性和种群结构

《Genetic Resources and Crop Evolution》：Exploring the genetic diversity and population structure of origanum (Origanum rotundifolium L.) genotypes through start codon targeted (SCoT) marker system

圆叶牛至遗传多样性及种群结构研究通过SCoT标记系统分析50份材料，揭示形态差异与分子变异显著相关，G1、G2、G3、G19为优良基因型，UPGMA聚类分为2主类5亚群，Fst值0.0839显示中等遗传分化。

　　

摘要

Origanum rotundifolium L. 是一种牛至属植物，由于其含有抗氧化酶，自古以来就被用于民间医学中，具有增强免疫系统的功效。本研究旨在探讨 Origanum rotundifolium 的分子和形态变异，发现不同基因型在 FHY（鲜草产量）、DHY（干草产量）、DLY（干叶产量）、LSR（叶茎比）、NB（分枝数）、CD（冠层直径）、植株高度（PH）、EOR（精油含量）和 CC（相对叶绿素含量；SPAD 指数）等参数上存在显著差异，并鉴定出 G1、G2、G3 和 G19 为优良基因型。这些形态差异进一步得到了使用起始密码子靶向（SCoT）多态性标记对 50 个基因型进行的遗传多样性分析的支持。在测试的 25 个 SCoT 引物中，有 10 个成功产生了 103 个独特且可评分的条带，每个引物产生的条带数量介于 7 到 14 个之间，平均为 10.3 个。所有引物的平均多态性信息含量（PIC）值为 0.38。此外，平均等位基因有效数（ne）、基因多样性（h）和香农信息指数（I）分别为 1.5128、0.3333 和 0.5135。通过 Dice 遗传距离和未加权配对组方法（UPGMA）进行聚类分析，将基因型分为两个主要群组。遗传结构分析进一步将牛至基因型划分为五个亚群，平均预期杂合度为 0.3369。种群分化指数（Fst）的范围为 0.0367 至 0.1281，平均值为 0.0839。本研究首次利用 SCoT-逆转录转座子标记系统探讨了 Origanum rotundifolium 基因型的遗传多样性和种群结构。研究结果凸显了 SCoT 标记在准确评估 Origanum rotundifolium 基因型遗传多样性方面的有效性，为未来的育种和保护策略提供了重要依据。