从花生（Arachis pintoi）中分离出的细菌菌株的基因组测序揭示了慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）中的三个新物种

《Journal of Soil Science and Plant Nutrition》：Genome Sequencing of Bacterial Strains Isolated from Arachis pintoi Reveals Three Novel Species Within The Bradyrhizobium Genus

本研究对巴西卡塔廷加和亚马孙热带雨林中阿嚏草相关的13株巴氏棒状菌进行基因组测序和比较分析，发现其通过多基因系统发育分析（MLSA）分为三个独立谱系，且与已知物种的dDDH值均低于46%，据此提出三个新物种命名：B. uflense、B. lavrense和B. bahiense。

　　

摘要

目的

本研究旨在通过对从两种巴西生物群落（卡廷加灌木丛和大西洋森林）中获得的13株Arachis pintoi相关Bradyrhizobium菌株的基因组进行测序和分析，来描述这些菌株的特征，从而为这些共生物种提供初步的分类学见解。其中8株菌株在与A. pintoi的共生关系中具有高效的固氮能力，而其余5株的固氮效率较低。

方法

我们使用了平均核苷酸同一性（ANI）、数字DNA-DNA杂交（dDDH）以及基于16S rRNA、管家基因和功能基因（nodC和< />）序列的系统发育分析方法，来研究这些菌株与其他已知Bradyrhizobium物种之间的关系。

结果

16S rRNA基因的系统发育分析无法区分这些菌株，而多重序列比对分析（MLSA）将其清晰地分为三个不同的谱系，且这些谱系不属于任何先前描述的Bradyrhizobium物种。ANI比较也得出了类似的结果。UFLA型菌株与最接近的物种B. ingae BR 10250^T和B. iriomotense EK05^T之间的dDDH值低于46%，远低于70%的临界值。此外，这些菌株在nodC和< />基因的系统发育上与其他Bradyrhizobium物种也存在差异。

结论

因此，我们建议将这些菌株命名为：B. uflense UFLA05-112^T（= CBAS1221）、B. lavrense UFLA05-153^T（= CBAS1222）和B. bahiense UFLA05-109^T（= CBAS1081）。

图形摘要

目的

本研究旨在通过对从两种巴西生物群落（卡廷加灌木丛和大西洋森林）中获得的13株Arachis pintoi相关Bradyrhizobium菌株的基因组进行测序和分析，来描述这些菌株的特征，从而为这些共生物种提供初步的分类学见解。其中8株菌株在与A. pintoi的共生关系中具有高效的固氮能力，而其余5株的固氮效率较低。

方法

我们使用了平均核苷酸同一性（ANI）、数字DNA-DNA杂交（dDDH）以及基于16S rRNA、管家基因和功能基因（nodC和< />）序列的系统发育分析方法，来研究这些菌株与其他已知Bradyrhizobium物种之间的关系。

结果

16S rRNA基因的系统发育分析无法区分这些菌株，而多重序列比对分析（MLSA）将其清晰地分为三个不同的谱系，且这些谱系不属于任何先前描述的Bradyrhizobium物种。ANI比较也得出了类似的结果。UFLA型菌株与最接近的物种B. ingae BR 10250^T和B. iriomotense EK05^T之间的dDDH值低于46%，远低于70%的临界值。此外，这些菌株在nodC和< />基因的系统发育上与其他Bradyrhizobium物种也存在差异。

结论

因此，我们建议将这些菌株命名为：B. uflense UFLA05-112^T（= CBAS1221）、B. lavrense UFLA05-153^T（= CBAS1222）和B. bahiense UFLA05-109^T（= CBAS1081）。

图形摘要