利用DNA恢复里士满祖先的身份与尊严：东马歇尔街井项目

《Forensic Science International: Genetics》：Using DNA to restore the identity and dignity of Richmond’s ancestors: the East Marshall Street Well Project

19世纪里士满东马歇尔街井中发现用于医学院解剖的遗骸，社区于2013年启动研究项目，通过基因分析（INNUL标记和STR技术）和人类学方法确认至少36名成人和6名儿童遗骸，主要祖源为西非中西部，揭示奴隶制与医疗不公历史。

　　

Filipa Sim?o|Sierra Laveroni|Michelle Woo|Daniela Frausto|Amber Mundy|Martin MacStudy|Christopher Twene|Andrea Malchow|Andrea Sanjurjo|Baneshwar Singh|Tal Simmons

美国弗吉尼亚州里士满市弗吉尼亚联邦大学法医学系

摘要

1994年，在美国弗吉尼亚州里士满发现了一口19世纪的井，其中包含混合的人类骨骼遗骸。这些遗骸主要来自非裔美国人的墓地，被弗吉尼亚医学院用于解剖实践。2013年成立了“东马歇尔街井项目”（East Marshall Street Well Project），旨在促进社区对这一发现的讨论。经过咨询过程，成立了“家族代表委员会”（Family Representative Council，FRC），代表井中发现的遗骸的后代，并指导相关的纪念和重新安葬工作。遗传学和人类学研究获得批准，旨在将这些混合的遗骸重新关联到具体个体，并了解他们的祖先起源。

通过DNA分析，33具个体的骨骼被重新识别。尽管由于降解和混合，无法完全重新关联所有遗骸，但仍然识别出了36个独特的遗传标记（INNUL profiles），确认至少有36名成年人。来自未成年遗骸的线粒体DNA单倍型表明至少有6名未成年人。祖先信息标记证实他们主要具有非洲血统，线粒体DNA和Y染色体数据将这些人物的非洲祖先与中西非联系起来。这与跨大西洋奴隶贸易期间的迁移模式相符。

对骨骼生物特征和死后骨骼标记的人类学分析揭示了这些人在生前所从事的繁重劳动，以及他们死后尸体被忽视的情况。

这项研究对于确保对这些遗骸的尊重性安葬和适当纪念至关重要，体现了对个人尊严和历史意义的尊重。通过揭示他们的起源和经历，有助于后代社区正视过去的不公正。

引言

1994年，在美国弗吉尼亚州里士满市弗吉尼亚联邦大学医学院的新建筑建设过程中，发现了一口19世纪的砖砌井。由于校长的催促，没有进行适当的考古发掘[1]，考古学家仅被给予两天时间从建筑工人用反铲挖出的堆中回收文物和人类遗骸。当地下水位上升导致反铲无法作业时，发掘工作停止，尽管知道在更深的层次还有更多遗骸。结果，这些受损的骨骼遗骸缺乏埋葬背景和连接，主要由长骨组成[2]、[3]、[4]，因为这些骨头最容易识别和提取。

对回收的人类遗骸进行的初步人类学分析显示了一些与解剖学训练和手术程序相符的死后迹象。医学院在早期大力推广提供尸体用于解剖教学，以吸引学生。对尸体的持续需求导致了常规的盗墓行为，主要针对非裔美国人的墓地[5]。19世纪的档案记录表明，校园内曾有用于处理人类遗骸的井，且这些井靠近医学院，这支持了1994年发现的井是用于在尸体被用于教学后处理遗骸的结论[5]。通过对500多块人类骨骼元素的配对分析，国家自然历史博物馆初步估计井中至少有53具遗体——44名成人和9名儿童[4]。形态学分析还确定大多数个体具有非洲血统，但也存在欧洲血统[4]。

2012年，当地社区就这些遗骸问题与大学进行了沟通。2015年经过一系列社区会议后，讨论了未来对这些从东马歇尔街井（EMSW）中回收的遗骸的研究、纪念和重新安葬事宜，于是成立了“家族代表委员会”（FRC）。FRC的职责是代表井中遗骸的后代，并提出未来的行动方案。委员会一致认为，遗传学研究对于后续的重新安葬和纪念工作至关重要[6]。因此，遗传学研究的主要目标是：[2] 将混合的遗骸重新关联到具体个体；[3] 收集有关这些遗骸祖先起源的信息（骨骼生物特征）。

为解决这些问题，采用了两种不同的方法。重新关联步骤使用了两组不同的遗传标记，每组标记都具有较高的个体区分度，这是人类识别的关键标准。第一组标记是插入/缺失（INNULs）标记，是一组短核元件（SINE）标记，非常适合用于高度降解和DNA产量低的样本的身份鉴定。这是因为它们的扩增子长度较短（63bp-125bp），没有重复序列干扰，且与多等位基因位点相比，组合匹配概率更高[7]、[8]。这些标记的长度小于130 bp，使其更适合降解样本[7]、[8]。特定位点上序列的存在（插入）或缺失（缺失）可以生成独特的个体特征。然而，这些标记的双等位基因特性在赋予遗传特征匹配统计显著性时可能是一个缺点。因此，将INNULs数据与多等位基因标记结合使用可以增强分析效果，提高区分度[9]、[10]。第二组标记是短串联重复序列（STRs），长度约为3到7个碱基，可以重复6到20多次。由于高度多态性，这些重复序列在个体间的重复次数不同。两个随机选择的个体在多个位点具有相同基因型的概率极低，这突显了使用这类标记进行人类骨骼重新关联的优势[11]。

虽然直接、准确地鉴定这些已有两百年历史的遗骸的可能性很低，但可以通过表型特征和祖先预测来间接了解其起源。祖先信息标记（AIMs）可以根据未知个体的生物特征估计其祖先比例。多年来开发了多种AIMs面板，大多数集中在常染色体单核苷酸多态性（SNPs）和插入/缺失（InDel）多态性上，这些标记在不同人群间表现出最大的遗传差异，而在同一人群内的个体间遗传变异较小[12]、[13]、[14]。位于Y染色体非重组区域和线粒体DNA（mtDNA）上的标记可以提供单亲祖先的信息[15]。这些遗传元素的不重组特性使得可以追踪特定谱系的地理起源。通过mtDNA追踪母系谱系，通过Y染色体标记追踪父系谱系。结合不同传递模式的标记集可以全面了解个体的遗传背景和历史。本研究旨在揭示与这口井相关的历史，探讨了这些个体的单亲和双亲祖先情况。

材料与方法

“家族代表委员会”代表井中发现的遗骸的后代，批准了对这些人类遗骸进行的所有遗传学分析。有关社区外展工作和实验室工作流程的详细信息，请参见补充材料1。

不当考古发掘的影响

这些遗骸在井中存放的具体条件多年来一直不确定。根据弗吉尼亚医学院的档案记录，这些遗骸是在1840年代到1860年代之间被丢弃的，这意味着在发现时它们已经在井中存放了一个多世纪[5]。与沉积环境相关的因素，如氧气水平、土壤成分、压实度和pH值等，在遗骸状况中起着重要作用

结论

从EMSW祖先那里获得的信息揭示了19世纪里士满非洲裔个体面临的艰难现实。自1733年成立以来，里士满一直是人口贩卖的中心。

历史和遗传证据表明EMSW祖先与中西非有很强的联系，但不能排除其他非洲血统的可能性。骨骼特征表明他们曾从事繁重劳动，牙齿健康状况较差

未引用的参考文献

[63]

CRediT作者贡献声明

Baneshwar Singh：撰写 – 审稿与编辑，撰写 – 原稿，监督，项目管理，数据管理，概念构思。Tal Simmons：撰写 – 审稿与编辑，撰写 – 原稿，监督，资源协调，项目管理，资金筹集，数据管理，概念构思。Filipa Sim?o：撰写 – 审稿与编辑，撰写 – 原稿，监督，方法学设计，调查，数据分析，数据管理。Sierra Laveroni：撰写 – 审稿与编辑

利益冲突声明

作者声明没有已知的财务利益冲突或个人关系可能影响本文的研究结果。

致谢

我们代表里士满社区感谢“家族代表委员会”在这项研究中的指导和支持。同时感谢Caleb Beverstock、Sarah Rose、Ciara Rhodes、Arian Karim、Nubaha Islam、Felix Arsenault、Aniya Dew Miller、Ndia Edwards、Kennedy Flack、Kate Magnelia、Tolani Olaosebikan、Sabrina Simms、Finn Smith、Emma Hirst和Anaya Udvayar在样本收集方面的协助。

我们还要感谢Carlos Vullo和María