基于提取效率校正的定量实时荧光定量PCR方法用于面部皮肤细菌丰度分析

《Journal of Microbiological Methods》：Development of a qPCR-based method for absolute quantification of facial skin bacteria considering DNA extraction efficiency

　　皮肤微生物组随年龄不同而有所差异，了解微生物平衡与皮肤健康之间的关系对于皮肤保健具有重要意义。本研究开发了一种定量实时荧光定量PCR（qPCR）方法，利用TaqMan MGB探针来测量皮肤固有细菌的丰度。代表性面部皮肤细菌（痤疮丙酸杆菌、表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌）使用特异性引物组合和探针以高灵敏度进行检测和定量。痤疮丙酸杆菌被分为两组进行qPCR分析：第1组包括主要与痤疮相关的类型，第2组包括痤疮丙酸杆菌防御亚种（*C. acnes* subsp. *defendens*），后者在健康皮肤中占主导地位。各菌种的细胞悬液（已评估总细胞数）经过溶菌酶处理后进行DNA提取。纯化的DNA使得能够准确计算提取效率。目标皮肤细菌的DNA提取效率范围为30%至100%，表明提取效率存在种间差异。所建立的方法在10⁴–10⁸个细胞/mL的细菌浓度范围内实现了稳定定量。使用混合细菌悬液提取的DNA进行qPCR检测的结果，在根据各物种特异性DNA提取效率校正后，总体上与预期的基因组DNA拷贝数一致。所建立的经提取效率校正的qPCR方法能够改进对面部皮肤细菌丰度的定量。田中德典 | 太田秀明 | 南波寺也 | 川端弘 | 窪村延明 | 藤谷伸 | 光井良治冈山科学大学生命科学部生物科学科，冈山县北区立太町1-1，邮编700-0005，日本