SRSF7通过调控RNA剪接促进三阴性乳腺癌转移进展的机制研究

《Journal of Experimental & Clinical Cancer Research》：SRSF7 controls RNA splicing programs driving triple-negative breast cancer metastasis

　　

摘要

背景

三阴性乳腺癌（TNBC）是一种高度侵袭性的乳腺癌亚型，其中转移是导致死亡的主要原因。然而，RNA剪接对TNBC转移进展的贡献尚不完全清楚。

方法

我们在两种高运动性TNBC细胞系中进行了基于高内涵成像的RNA干扰（RNAi）筛选，靶向244个剪接体组分，以系统地鉴定细胞迁移的调控因子。细胞运动性采用吞噬体运动轨迹（PKT）和随机细胞迁移（RCM）检测进行评估，而增殖、细胞死亡和细胞骨架表型则通过高内涵成像、硫黄素B（SRB）检测、Annexin V/碘化丙啶（PI）染色、免疫荧光和Western blotting进行评估。候选剪接因子耗竭的转录组后果通过下一代RNA测序（NGS）进行检测，随后进行差异基因表达、通路富集和可变剪接分析。SRSF7的功能进一步通过可诱导的CRISPR-Cas9敲除模型和体内尾静脉转移小鼠模型进行验证。肺定植和转移负荷通过纵向生物发光成像、肺重量测量和墨汁灌注法量化大转移灶进行评估。临床相关性使用TNBC患者基因表达队列和Kaplan–Meier生存分析进行评价。

结果

系统性RNAi筛选鉴定出一组选择性地调控TNBC细胞运动性的剪接因子，同时对细胞增殖和生存仅产生有限影响，其中SRSF7作为核心调控因子脱颖而出。功能验证使用siRNA介导的耗竭和可诱导的CRISPR-Cas9扰动表明，SRSF7促进TNBC细胞迁移和侵袭，而其缺失则抑制体内肺转移定植。转录组分析揭示SRSF7协调广泛的基因表达程序，富集于细胞外基质（ECM）组织、细胞-基质粘附、整合素信号传导和细胞骨架调控。Deep-RNA测序鉴定出数千个SRSF7依赖性的剪接事件，包括反复出现的内含子跳跃改变，这些改变影响与迁移和粘附表型相关的基因。临床上，SRSF7表达升高与TNBC患者不良生存结局相关，将其分子功能与疾病进展联系起来。

结论

我们的发现将SRSF7确定为TNBC转移进展的关键剪接体相关调控因子，也是侵袭性乳腺癌的潜在治疗靶点。这些结果突显了RNA剪接调控作为TNBC转移的重要机制，并支持进一步研究剪接因子依赖性以进行干预治疗。