基于RNA测序的达肯斯氏气单胞菌体内感染基因表达谱分析及其新型毒力因子鉴定

《Communications Medicine》：In vivo transcriptomics analyzing Aeromonas dhakensis from fatal human cases to identify new virulence factors

**摘要****背景**在人致病的*嗜水气单胞菌*中，*A. dhakensis*（达肯斯氏气单胞菌）越来越多地被发现在系统性感染中，且具有高抗生素耐药率。最近，从两例独立的致死性单微生物菌血症临床病例中分离出两株*A. dhakensis*，我们旨在确定这些分离株在感染过程中所利用的基因和通路。**方法**我们对每株分离株以及第三种临床*A. dhakensis*参考菌株进行了比较RNA测序，这些菌株分别培养在小鼠腹腔内（体内）或停滞培养基中（体外），并以体外表达作为基线。我们选择了三种在体内上调且此前未与*A. dhakensis*致病性关联的基因——*hdc*、*inhA*和*asap1*进行进一步评估。我们分别对每个基因进行了框内缺失和顺式互补，并在体外和体内测量了毒力减弱情况。**结果**本文表明，大多数先前已表征的*A. dhakensis*毒力因子编码基因在体内均上调，包括编码铁摄取、多种分泌系统、外毒素A和侧生鞭毛的基因。我们还表征了*A. dhakensis*的全局代谢变化，展示了其适应营养限制型宿主环境的能力。*hdc*和*inhA*基因缺失显著减弱了细菌在体外和体内的毒力，而*asap1*基因缺失没有影响，尽管此前已证实该基因在*A. salmonicida*（鱼害气单胞菌）感染鱼类中参与致病。**结论**总体而言，我们证明了该RNA-seq数据集在理解*A. dhakensis*感染期间的表达模式以及鉴定该病原体引起人类疾病所采用的新型毒力策略和机制方面的价值。