基于DIA-MS技术对肌层浸润性膀胱癌蛋白质组图谱的系统表征及其分子亚型鉴定

《Scientific Reports》：Proteomics characterization of muscle-invasive bladder carcinoma identifies molecular subtypes and subtype-specific biological processes

摘要肌层浸润性膀胱癌（MIBC）已被划分为不同的转录组亚型，但其全面的蛋白质组表征仍然有限。在本研究中，我们利用数据非依赖性采集质谱（DIA-MS）技术对MIBC的蛋白质组图谱进行表征，并探索亚型相关的潜在治疗机会。研究从58例经尿道切除术（TURBT）样本中提取蛋白质，这些样本均为福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的MIBC标本，并通过数据非依赖性采集质谱（DIA-MS）进行分析。蛋白质组数据使用Perseus进行数据处理，并通过TMEV、gRapHD和DAVID进行层次聚类和网络分析。研究结果通过TCGA MIBC队列进行了验证。通过对TURBT样本的分析，识别出三个蛋白质组聚类，这些聚类再现了MIBC的转录组亚型：管腔型-乳头状（KRT20高表达，线粒体和代谢活性增强）、基底型-鳞状（基底生物标志物表达，DNA复制和糖基化活性增强），以及管腔浸润型+管腔型（免疫和细胞外基质活性增强）。网络分析揭示了亚型特异性的生物学过程，并通过Dressler队列和TCGA MIBC队列的分析得到了支持。亚型特异性蛋白质组图谱提示了候选的治疗策略。对常规治疗前FFPE TURBT标本（即治疗决策所依据的诊断材料）进行DIA-MS分析，在蛋白质水平上成功再现了已建立的转录组分类体系。这些发现为MIBC分子亚型的蛋白质组学表征提供了框架，并支持开展亚型指导的治疗策略研究。