地中海贻贝鳃微生物组的常住与过客类群特征研究

《Microbial Ecology》：Resident and Transient Microbial Taxa in the Gill Microbiome of the Mussel Mytilus galloprovincialis

　　

摘要

微生物与海洋双壳贝类共生，形成统称双壳贝类微生物组的微生物群落。这些群落可能包括常住类群（在整个生命周期中与双壳贝类宿主相关联）和过客类群（其存在是暂时的，归因于海水或食物等物质通过宿主）。为评估地中海贻贝（Mytilus galloprovincialis Lamarck, 1819）的鳃微生物组及其常住和过客类群，研究人员在亚得里亚海东海岸的Lim湾和Mali Ston湾两个地点，对该重要养殖物种进行了为期一年的采样。使用Illumina MiSeq测序技术对16S rRNA基因V4区域进行测序，对微生物组进行了表征。作为比较，在同一时间和地点也对周围海水和沉积物中的微生物群落进行了评估。在OTU水平上确定的鳃微生物组结构与周围海水和沉积物中的微生物群落均不同，且两个地点之间无差异。然而，不同月份之间表现出差异，显示出时间动态性。分类学分析揭示了鳃微生物组中同时存在常住和过客微生物类群。在两个地点的贻贝鳃部以及整个研究期间均存在未分类的Endozoicomonadaceae（即已知近缘物种缺失的Endozoicomonadaceae成员），它们似乎属于常住成员。相比之下，Endozoicomonas和"候选"Endoecteinascidia"属于过客类群，仅在特定月份出现在两个地点贻贝的鳃微生物组中；Vibrio和未分类的Vibrionaceae（即已知近缘物种缺失的Vibrionaceae成员）也属于过客类群，但特别之处在于这些仅特异性存在于Lim湾。总体而言，本研究表明贻贝Mytilus galloprovincialis的鳃微生物组与周围海水和沉积物中的微生物群落不同，表现出时间动态性，并包含常住和过客微生物类群。