单细胞与单核RNA测序在非小细胞肺癌上皮分化、恶性转化及微环境重塑中的互补性解析

《Communications Biology》：Complementary single-nucleus and single-cell RNA sequencing reveal tumor state evolution and microenvironmental rewiring in NSCLC

单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）为解析复杂组织的细胞架构提供了互补性的见解，但它们在非小细胞肺癌（NSCLC）中的生物学分辨率尚未完全阐明。本研究直接比较了NSCLC患者匹配的肿瘤与正常肺组织，以明确各平台如何捕捉肿瘤生态系统中不同的细胞与生物学程序。scRNA-seq能够更精细地区分免疫细胞亚群及胞质代谢程序，而snRNA-seq则更有效地解析了上皮细胞谱系及核内调控通路。调控网络分析识别出在平台依赖性方式下调控肺泡II型细胞（AT2）向I型细胞（AT1）分化的转录因子。我们进一步沿AT2至恶性转化轨迹定义了四个可重复的转录模块，其中早期模块富集于上皮稳态相关程序，晚期模块则富集于致癌信号传导相关程序。配体-受体分析揭示了上皮状态依赖的微环境重塑，早期状态以黏附相关相互作用为主，而在恶性进展过程中则转向细胞外基质信号传导。综上所述，这些发现表明scRNA-seq与snRNA-seq在NSCLC的上皮分化、肿瘤状态演化及微环境重塑方面提供了互补的生物学见解。