DNA甲基化特征预测骨髓增生异常肿瘤患者AML转化无进展生存期

《Clinical Epigenetics》：A DNA methylation–based risk score improves prognostic stratification in myelodysplastic neoplasms

　　

摘要

背景

骨髓增生异常肿瘤（MDS）是一种克隆性造血疾病，其特征为造血功能低下、血细胞减少，以及进展为急性髓系白血病（AML）的风险各异。尽管突变数据已被纳入最新的MDS风险模型（即IPSS-M），但临床异质性仍然使决策复杂化。异常DNA甲基化被认为是MDS恶性转化的重要促成因素。我们在此提供了证据，表明甲基化在AML转化无进展生存期（AML-TFS）方面提供了额外的预后信息。

结果

使用68份骨髓样本的全基因组甲基化数据开发了一个预测AML-TFS的模型，并在一个独立队列（n?=?172）中进行了验证。此外，评估了风险组之间的基因表达差异。一种55-CpG甲基化特征将MDS患者分为不同的风险组，并以一种看似在很大程度上独立于现有临床、细胞遗传学和突变参数的方式预测转化。位于SPAG6启动子区域的一个CpG位点被确定为55-CpG甲基化评分中最重要的贡献因素，该位点显示低甲基化与较差的AML-TFS相关。较高风险的甲基化特征，如SPAG6（一种癌症-睾丸抗原，CTA），与其他CTA和发展受限基因的协同上调相关，表明可能重新激活早期发育和干性相关的转录程序。值得注意的是，该甲基化特征在有限的一组配对外周血/骨髓样本中显示出初步的一致性，提示其作为微创预后工具的潜力，尽管这需要在更大的样本集中得到证实。

结论

总之，一种紧凑的DNA甲基化特征在作为MDS中AML-TFS独立预测因子的应用中显示出有希望的结果，并需要在更大的患者队列中进行前瞻性验证。