长读长测序结合RNA测序揭示杜氏肌营养不良中复杂致病性结构变异

《npj Genomic Medicine》：Long-read sequencing and T2T-CHM13 enable accurate detection of complex pathogenic inversions in Duchenne muscular dystrophy

　　

摘要

由于复杂的结构变异（SVs），常规基因检测无法诊断部分杜氏肌营养不良（DMD）病例。我们对四名常规检测呈阴性的 DMD 先证者应用了长读长测序（LRS）和 RNA 测序（RNA-seq）。LRS 在所有先证者中鉴定出此前未报道的、破坏 DMD 位点的长范围倒位（4–80 Mbp）。在其中一名先证者中，与 T2T-CHM13 参考基因组比对消除了与 GRCh38 比对时的假阳性结果，并且 RNA-seq 揭示了一种致病性 DMD-PRRG1 融合转录本。所有断点均经过 Sanger 测序验证，其中三个倒位是母系遗传的。总之，这些结果表明，使用 T2T-CHM13 的 LRS 是解决 DMD 中复杂致病性 SVs 的有力方法。