《Journal of Infection and Chemotherapy》：Comparative evaluation of the GeneSoC FluA/B Detection Kit for influenza A and B virus detection using archived nasopharyngeal specimens
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背景：快速核酸扩增检测（rapid NAATs）可能有助于及时诊断流感。本研究评估了 GeneSoC? FluA/B Detection Kit（GeneSoC Flu）——一种用于检测甲型流感病毒（influenza A virus,
背景：快速核酸扩增检测（rapid NAATs）可能有助于及时诊断流感。本研究评估了 GeneSoC? FluA/B Detection Kit（GeneSoC Flu）——一种用于检测甲型流感病毒（influenza A virus, FluA）和乙型流感病毒（influenza B virus, FluB）的快速 NAAT——的一致性。方法：对一组预先选择的 180 份鼻咽拭子（nasopharyngeal swab）标本进行评估，这些标本根据既往临床检测初步分类为 FluA 阳性（n = 60）、FluB 阳性（n = 70）或阴性（n = 50）。对每份标本相同的纯化 RNA 提取物，使用 GeneSoC Flu、一种基于日本国立感染症研究所（National Institute of Infectious Diseases, NIID）的实时逆转录聚合酶链反应（real-time reverse transcription polymerase chain reaction, real-time RT-PCR）方法，以及 TRexGene SARS-CoV-2&FluA/B Detection Kit（TRexGene）进行检测。结果：对于检测 FluA 或 FluB，GeneSoC Flu 相对于 NIID 方法和 TRexGene 的总体符合率（overall percent agreement, OPA）、阳性符合率（positive percent agreement, PPA）和阴性符合率（negative percent agreement, NPA）分别为 99.4%、99.2% 和 100.0%。仅两份标本初始结果不一致，且两者根据 NIID 实时 RT-PCR 校准曲线估算的 RNA 拷贝数均极低。此外，GeneSoC Flu 和 TRexGene 获得的循环阈值（cycle threshold, Ct）值与估算 RNA 水平呈强负相关（Spearman’s ρ，?0.97 至 ?0.93；p < 0.01）。结论：使用共享纯化 RNA 提取物时，GeneSoC Flu 与对照 NAAT 显示高度一致性。需要对其完整的从样本到结果工作流程进行前瞻性评估，以确定其真实世界诊断性能和周转时间（turnaround time）。
流感是一种急性呼吸道感染，可在温带地区冬季引起季节性流行。早期诊断有助于及时启动抗流感治疗并采取适当感染控制措施。在日本，流感病毒主要采用免疫层析快速抗原检测；虽然简单快速，但已有报道其敏感性低于核酸扩增检测（NAAT，扩增检测病原体核酸的分子诊断方法）。传统 NAAT 敏感性和特异性高，但周转时间较长，并需要专用设备和熟练人员。近年快速核酸扩增检测（rapid NAATs，简化操作并快速出结果的 NAAT）逐渐用于临床；美国感染病学会指南建议门诊患者使用快速 NAAT 诊断流感，住院患者使用实时逆转录聚合酶链反应（real-time RT-PCR，将 RNA 逆转录并实时扩增检测的方法）等 NAAT。GeneSoC
? mini 和 GeneSoC
? mini 2 基因分析仪采用微流控热循环技术，测量开始后约 15 min 给出结果。GeneSoC
? FluA/B Detection Kit（GeneSoC Flu）是一种分型检测，可分别检测甲型流感病毒（influenza A virus, FluA）和乙型流感病毒（influenza B virus, FluB）。因此，研究人员需要评估 GeneSoC Flu 与常规 NAAT 及市售快速 NAAT 的一致性。
研究人员使用预先选择的 180 份存档鼻咽拭子（nasopharyngeal swab）标本，这些标本既往临床检测初步分类为 FluA 阳性（n = 60）、FluB 阳性（n = 70）或阴性（n = 50）。对每份标本的相同纯化 RNA 提取物，研究人员同时使用 GeneSoC Flu、基于日本国立感染症研究所（National Institute of Infectious Diseases, NIID）的 real-time RT-PCR 方法（NIID-based method）和 TRexGene SARS-CoV-2&FluA/B Detection Kit（TRexGene）检测。研究结果显示 GeneSoC Flu 与对照 NAAT 高度一致；仅两份标本初始结果不一致，且估算 RNA 拷贝数很低。研究结论指出，在共享纯化 RNA 提取物的条件下，GeneSoC Flu 与对照 NAAT 对 FluA 和 FluB 检测具有良好一致性，但完整样本到结果流程和真实世界周转时间仍需前瞻性研究。该研究的意义在于为 GeneSoC Flu 作为快速分型 NAAT 提供与常规方法及商业快速 NAAT 一致性的证据，同时明确其临床诊断性能评估的局限。
主要关键技术方法：研究采用预选存档鼻咽拭子队列，包括 2018 年 2 月至 2024 年 11 月札幌医科大学医院 145 份残余临床标本及 35 份商业来源残余标本，?80°C 保存。初始分类依据既往 Xpert Xpress Flu/RSV（n = 78；FluA 58、FluB 20）或 LUMIPULSE Presto Flu-A&B（n = 67；FluA 2、FluB 15、阴性 50）；商业来源记录涉及 Hologic Panther Fusion（n = 20）、GeneXpert（n = 13）、QIAstat（n = 2）。从每份标本提取纯化 RNA 后，使用 GeneSoC Flu、基于 NIID 的 real-time RT-PCR 和 TRexGene 检测；计算总体符合率（OPA）、阳性符合率（PPA）、阴性符合率（NPA）、κ 系数，采用 McNemar 检验和 Spearman 秩相关分析，初始结果用于主要一致性分析。
3.1 患者与样本特征。患者年龄中位数为 30.5 岁（四分位距 11.8–48.0 岁），标本来自 70 例男性和 110 例女性患者。
3.2 GeneSoC Flu 与对照方法的比较。NIID 方法检测到 FluA 61 份、FluB 71 份；2 份为 FluA 和 FluB 双阳性，因此 130 份为任一病毒阳性，50 份为两者均阴性。两份双阳性中，一份经 GeneSoC Flu 和 TRexGene 也检测为 FluA 和 FluB 双阳性，NIID 方法复检仍双阳性；另一份即下述不一致标本 2。GeneSoC Flu 与 NIID 方法及 TRexGene 在 FluA/B、FluA、FluB 比较中的 OPA 均 ≥ 99.4%，McNemar 检验未显示统计学显著差异，κ 系数均 ≥ 0.99。仅两份标本初始结果不一致。标本 1 中，NIID 方法 FluA 阳性，而 GeneSoC Flu 和 TRexGene 初始均阴性；两种快速 NAAT 复检均为阳性。标本 2 中，NIID 方法和 TRexGene FluB 阳性，而 GeneSoC Flu 初始阴性；三者复检均 FluB 阴性。初始 NIID 方法估算 RNA 水平分别为 6.51 copies/μL 和 3.16 copies/μL。
3.3 Ct 值与 RNA 水平的相关性。研究人员发现，GeneSoC Flu 的循环阈值（cycle threshold, Ct）与 NIID 方法估算的 RNA 拷贝数呈强负相关：FluA 的 Spearman’s ρ = ?0.94（n = 60），FluB 的 ρ = ?0.93（n = 70）。TRexGene 的 Ct 值同样与 NIID 方法估算 RNA 水平强负相关：FluA 的 ρ = ?0.94（n = 60），FluB 的 ρ = ?0.97（n = 71）。所有相关性均具有统计学意义（p < 0.01）。
讨论部分总结：研究人员将 GeneSoC Flu 与常规 NAAT 及商业快速 NAAT 比较，发现其高度一致，κ 系数均 ≥ 0.99。制造商说明 GeneSoC Flu 的检测限（limit of detection, LOD，可稳定检出的最低目标浓度）为 FluA 3.75 copies/test、FluB 15 copies/test；按每反应加入 3 μL RNA 提取物计算，分别相当于 FluA 1.25 copies/μL 和 FluB 5 copies/μL。不一致标本估算 RNA 水平分别为 FluA 6.51 copies/μL 和 FluB 3.16 copies/μL；FluB 不一致标本低于报告 LOD。复检导致多个检测定性结果变化，因此不能确定哪个初始结果正确，提示当目标 RNA 水平低且接近分析检测限时，定性结果可能在不同 run 间变化。原因可能包括各反应 RNA 输入量差异、移液变异、样本异质性和 run 间变异；三种检测输入体积分别为 GeneSoC Flu 3 μL、NIID 方法 5 μL、TRexGene 10 μL。尽管 GeneSoC Flu 输入 3 μL RNA，其与对照仍高度一致。Ct 值常被视为目标核酸丰度的半定量指标；本研究 Ct 值与 NIID 方法校准曲线估算 RNA 拷贝数强负相关，但估算值来自 NIID real-time RT-PCR 的 Ct，而非独立定量方法，因此主要显示不同 PCR 系统间 Ct 测量的关联。GeneSoC 分析仪可自动计算并显示 Ct，但 GeneSoC Flu 为定性检测，其 Ct 的临床意义尚未确立，Ct 依赖检测并受分析和样本因素影响，临床应用前需进一步研究。与前代 GeneSoC Influenza Virus A/B Detection Kit 相比，前代从测量开始到报告约 18 min，GeneSoC Flu 约 14 min；前代说明书 LOD 为 1 × 10
2 copies/test，而 GeneSoC Flu 为 FluA 3.75 copies/test、FluB 15 copies/test，提示分析敏感性改善；前代合并报告 FluA 和 FluB 阳性或阴性，GeneSoC Flu 分别报告 FluA 和 FluB。局限性包括：使用预选标本 panel 而非前瞻连续入组，观察到的符合率不应解释为真实世界临床敏感性、特异性或预测值；回顾性使用存档和商业来源标本，不能排除采集和储存条件影响，也不能排除选择偏倚和谱偏倚；快速检测使用纯化 RNA 而非完整样本到结果工作流程，未评估真实手工操作时间和周转时间，约 14 min 仅为分析测量步骤；Ct 分析为探索性，估算 RNA 拷贝数来自 RT-PCR 校准曲线而非独立定量方法。资助信息显示本研究由 Kyorin Pharmaceutical Co., Ltd. 资助，赞助方参与研究设计并提供数据，但未参与数据收集、实验室检测、数据分析或解释、稿件准备或投稿决定。
研究结论：使用共享纯化 RNA 提取物时，GeneSoC Flu 与 NIID 方法和 TRexGene 显示高度一致性。这些发现证明 GeneSoC Flu 与对照 NAAT 在检测 FluA 和 FluB 方面具有良好一致性。然而，本研究未评估完整样本到结果工作流程或真实世界周转时间。需要使用连续收集的临床标本开展前瞻性研究，以确定其在常规临床实践中的诊断性能。
