六线鱼肝脏DNA甲基化与卵巢发育阶段转录调控的关联研究

《BMC Genomics》：Integration of liver methylome and transcriptome provides new insights into the regulation of ovarian development genes in spotted scat (Scatophagus argus)

【字体：大中小】 时间：2026年10月06日 来源：BMC Genomics 3.9

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　　摘要背景肝脏提供脂质、蛋白质和能量以支持卵巢发育。肝脏转录组揭示了Scatophagus argus中与卵巢发育相关的众多基因。然而，调控它们表达的机制，特别是 DNA 甲基化的潜在作用，仍不明确。本文评估了卵巢发育阶段 II 至 IV 肝脏的全局甲基化以及甲基化组和转录组的

摘要

背景

肝脏提供脂质、蛋白质和能量以支持卵巢发育。肝脏转录组揭示了Scatophagus argus中与卵巢发育相关的众多基因。然而，调控它们表达的机制，特别是 DNA 甲基化的潜在作用，仍不明确。本文评估了卵巢发育阶段 II 至 IV 肝脏的全局甲基化以及甲基化组和转录组的整合。

结果

全基因组亚硫酸氢盐测序显示，卵巢阶段 II 肝脏中的 CpG 甲基化水平（74.57%）高于阶段 III（70.20%）和阶段 IV（71.68%）。Spearman 分析显示，启动子和基因体区域的表达水平与 CpG 甲基化之间存在一定的关联。在 II 与 III、II 与 IV 以及 III 与 IV 的比较中，差异表达基因和差异甲基化基因之间分别发现 28、256 和 99 个重叠基因。与卵黄生成相关的基因（erα、vtgb 和 vtgc）以及与卵黄膜形成相关的基因（zp4a 和 zp4b）在启动子或基因体区域的甲基化水平在 II 与 IV 或 III 与 IV 的比较中降低，且它们的表达量增加。era 启动子的亚硫酸氢盐测序（BSP）验证结果与全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）结果一致。在 II 与 IV 的比较中，与胆固醇形成相关的hsd17b7和cyp51在启动子和基因体区域的甲基化水平分别降低，且基因表达增加。同样，与甘油三酯形成相关的dgat2显示出基因体甲基化降低以及基因表达降低。

结论

S. argus肝脏中与卵黄生成和卵黄膜形成相关的基因的甲基化变化与卵巢发育期间的转录变化相关联。与胆固醇形成和甘油三酯形成相关的基因的甲基化与表达存在潜在关联。这些发现为表观遗传机制在鱼类繁殖中的作用提供了新的见解。

背景

肝脏提供脂质、蛋白质和能量以支持卵巢发育。肝脏转录组揭示了Scatophagus argus中与卵巢发育相关的众多基因。然而，调控它们表达的机制，特别是 DNA 甲基化的潜在作用，仍不明确。本文评估了卵巢发育阶段 II 至 IV 肝脏的全局甲基化以及甲基化组和转录组的整合。

结果

全基因组亚硫酸氢盐测序显示，卵巢阶段 II 肝脏中的 CpG 甲基化水平（74.57%）高于阶段 III（70.20%）和阶段 IV（71.68%）。Spearman 分析显示，启动子和基因体区域的表达水平与 CpG 甲基化之间存在一定的关联。在 II 与 III、II 与 IV 以及 III 与 IV 的比较中，差异表达基因和差异甲基化基因之间分别发现 28、256 和 99 个重叠基因。与卵黄生成相关的基因（erα、vtgb 和 vtgc）以及与卵黄膜形成相关的基因（zp4a 和 zp4b）在启动子或基因体区域的甲基化水平在 II 与 IV 或 III 与 IV 的比较中降低，且它们的表达量增加。era 启动子的亚硫酸氢盐测序（BSP）验证结果与全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）结果一致。在 II 与 IV 的比较中，与胆固醇形成相关的hsd17b7和cyp51在启动子和基因体区域的甲基化水平分别降低，且基因表达增加。同样，与甘油三酯形成相关的dgat2显示出基因体甲基化降低以及基因表达降低。