印度喜马拉雅盐碱地分离的嗜碱弗兰德氏菌WG10-512全基因组草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequence of the moderately halophilic bacterium Vreelandella alkaliphila strain WG10-512 isolated from a Himalayan salt mine in India

　　**摘要***Vreelandella alkaliphila* WG10-512菌株分离自印度古玛盐矿，并通过Illumina NovaSeq平台进行测序。该基因组草图包含183个contig，共3,435个基因，完整度为99.93%，污染率为0.41%。分类学分析以98.94%的ANI确认了其分类归属，为研究盐碱环境中微生物的适应性提供了宝贵的资源。**公告***Vreelandella*属的成员属于Halomonadaceae科，是一种中度嗜盐细菌，通常与盐碱和超盐环境相关（1）。这些微生物具有多种生理适应性，能够在渗透胁迫下生存，因其生态重要性和在生物技术及农业领域的潜在应用而备受关注（2）。本研究并未泛泛地声称*Vreelandella*的基因组信息有限，而是报道了一株从喜马拉雅山脉盐矿周围盐碱水中分离的菌株的基因组序列（**表1**）。**表1** 从印度喜马拉雅山脉盐矿周围盐碱水中分离的*V. alkaliphila* WG10-512菌株的基因组特征（**b**）| 特征 | 数值 ||------|------|| Contig数量 | 183 || 基因组大小（bp） | 3,605,406 || GC含量（%） | 52.78 || 总基因数 | 3,435 || 蛋白编码基因 | 3,352 || CDS（编码序列） | 3,372 || 假基因 | 20 || 总RNA基因 | 63 || tRNA基因 | 56 || rRNA基因 | 3 || 16S rRNA | 1 || 23S rRNA | 2 || 5S rRNA | 0 || tmRNA | 1 || ncRNA基因 | 3 || 基因组完整度（%） | 99.93 || 污染率（%） | 0.41 || GTDB-Tk ANI（%） | 98.94 || 16S rRNA同源性（%） | 100（98%查询覆盖度；1,500 bp） || COG分类（**a**） | 2,991 || GO术语（**a**） | 67 || KEGG直系同源基因（**a**） | 2,141 || CAZy家族（**a**） | 25 |**注：（a）** COG、GO、KEGG和CAZy统计数据由Bakta v1.9.4和eggNOG-mapper v2.1.11注释生成，而非PGAP注释。对应的注释文件已在Zenodo公开（https://doi.org/10.5281/zenodo.21998665）。（**b**）GO：基因本体论。*Vreelandella alkaliphila* WG10-512菌株分离自印度喜马偕尔邦曼迪区古玛（东经76.8534°，北纬31.9672°）盐矿区域的无菌水样。将水样在加入5%、10%和15%（wt/vol）NaCl的营养琼脂培养基（每升：动物组织消化液5.0 g，氯化钠5.0 g，牛肉浸粉1.5 g，酵母浸粉1.5 g，琼脂15.0 g；25°C时pH 8.0 ± 0.2）上进行培养以分离嗜盐细菌。平板在30°C有氧条件下培养72小时，将10% NaCl条件下获得的单个菌落通过反复划线纯化，获得纯培养物，用于基因组表征。使用DNeasy UltraClean Microbial Kit（Qiagen）从纯培养物中提取基因组DNA。采用NanoDrop分光光度法和琼脂糖凝胶电泳评估DNA质量和数量。全基因组鸟枪法测序在Illumina NovaSeq平台上以双端150 bp化学法进行。测序产生了12,686,996条原始reads，对应1.903 Gb序列数据。经质量过滤后，保留12,473,000条reads和1.847 Gb高质量序列数据用于下游分析。原始reads使用fastp v0.23.4（3）进行质量过滤以去除接头序列和低质量reads，过滤后的reads使用Unicycler v0.4.4（4）进行*de novo*基因组组装，随后使用RagTag v2.1.0（5）进行支架构建。基因组质量使用CheckM2 v1.0.1（6）评估，分类学归属使用GTDB-Tk v2.4.0（7）确定，组装质量使用QUAST v5.0.2（8）评估。 deposited基因组使用NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline（PGAP）（9）进行注释，并使用Bakta v1.9.4（10）和eggNOG-mapper v2.1.11（11）生成额外的结构和功能注释。除另有说明外，所有软件均使用默认参数。分类学鉴定使用基于skani的GTDB-Tk进行评估（12），16S rRNA基因使用Barrnap v0.9（13）提取，并通过BLASTN与16S rRNA数据库进行比较。GTDB-Tk将WG10-512归类为*Vreelandella alkaliphila*，ANI为98.94%，而16S rRNA分析显示在98%查询覆盖度（1,500 bp）下序列同源性为100%。这些互补分析支持将WG10-512归类为*V. alkaliphila*。该基因组草图由183个contig组成，总长度为3,605,406 bp，GC含量为52.78%，平均测序深度约为465×。基因组注释使用NCBI PGAP完成，鉴定出3,435个总基因和3,372个CDS，其中包含3,352个蛋白编码基因和63个RNA基因。RNA组包含56个tRNA和3个ncRNA，并鉴定出20个假基因。基因组完整度为99.93%，污染率为0.41%。使用Bakta v1.9.4和eggNOG-mapper v2.1.11生成额外的结构和功能注释，鉴定出2,991个COG分类、67个基因本体论术语、2,141个KEGG直系同源基因和25个碳水化合物活性酶家族。这些额外注释文件已存入Zenodo（DOI：https://doi.org/10.5281/zenodo.21998665）。*V. alkaliphila* WG10-512菌株的基因组草图序列将有助于未来研究微生物对盐碱条件的适应性，以及中度嗜盐微生物资源在盐渍土可持续管理方面的潜在开发（**图1**）。**图1** *Vreelandella alkaliphila* WG10-512菌株的环形基因组图谱。从外到内，各环依次代表contig、正链编码序列、tRNA和rRNA基因、负链编码序列、GC含量和GC偏斜。该图使用GenoVi v0.4.3（14）生成。**致谢**本研究由印度科学技术部科学技术部科学和工程研究委员会（现为Anusandhan国家研究基金会，ANRF）通过核心研究资助计划（CRG，资助编号CRG/2022/003064）资助。作者还感谢ANRF-PAIR提供的资金支持，批准令编号ANRF/PAIR2025/000003/PAIR-B，日期为2025年7月12日。