非靶向低覆盖度测序整合木响尾蛇群体结构、表型遗传与病原体监测

《Journal of Heredity》：Population genetics, trait mapping and fungal pathogen surveillance using untargeted sequencing in timber rattlesnakes (Crotalus horridus)

【字体：大中小】 时间：2026年10月07日 来源：Journal of Heredity 2.2

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　　摘要基因组工具在保护生物学和野生动物健康监测中日益重要，但其应用常受限于资源有限、样本质量以及微创方法的需求。在此，我们展示了对鳞片刻片DNA应用非靶向低覆盖度测序，可以同时解决木响尾蛇（Crotalus hor

摘要

基因组工具在保护生物学和野生动物健康监测中日益重要，但其应用常受限于资源有限、样本质量以及微创方法的需求。在此，我们展示了对鳞片刻片DNA应用非靶向低覆盖度测序，可以同时解决木响尾蛇（Crotalus horridus）的群体结构、基因型-表型关联和病原体监测问题。木响尾蛇是一种受到栖息地破碎化、人类入侵以及新兴真菌病原体蛇类真菌（Ophidiomyces ophidiicola）威胁的物种。我们对来自美国东北部阿巴拉契亚山脉八个群体的107条蛇进行了测序，每条蛇的平均测序深度为0.94x。群体分化显著，且与地理距离仅呈弱相关，某些群体的近交系数之高表明可能产生适合度后果。全基因组关联分析确定了一个包含ALDH4A1的黑黄双色型位点，ALDH4A1是参与脊椎动物色素沉着的一个基因家族成员，但区别于黑色素通路色素基因。我们的非靶向测序方法还能捕获宿主相关微生物：患有蛇类真菌病临床症状的蛇体内蛇类真菌负荷更高，尽管一些无症状个体也携带大量真菌负荷，且真菌负荷较高的蛇其皮肤相关微生物群落受到破坏。所有这些推论均源自同一套微创采样与测序工作流程，突显了该方法在生物多样性保护中的可扩展性。