《Global Ecology and Conservation》：Estimates of genetic diversity and evidence of weak population structure in the range-restricted Jiangxi giant salamander (
Andrias jiangxiensis)
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江西大鲵（*Andrias jiangxiensis*）是一种近期被描述的特有物种，仅分布于中国江西省北潦河上游的一个小型山地溪流系统中。极端的分布区限制通常被认为会加剧遗传漂变和近交风险，并降低遗传多样性，然而该物种的种群遗传状况仍知之甚少。研究人员利用11
江西大鲵（*Andrias jiangxiensis*）是一种近期被描述的特有物种，仅分布于中国江西省北潦河上游的一个小型山地溪流系统中。极端的分布区限制通常被认为会加剧遗传漂变和近交风险，并降低遗传多样性，然而该物种的种群遗传状况仍知之甚少。研究人员利用11个微卫星位点以及来自两个野外采样点和一个人工保种繁育单元的49个个体的线粒体COI和Cyt b序列，评估了其遗传多样性、空间遗传结构和人口统计学信号。三个采样单元的微卫星期望杂合度（He）范围为0.591～0.669，线粒体单倍型多样性（Hd）为0.655，核苷酸多样性（π）为0.001313。仅基于野外样本的北港（BG）与大崎山（DQ）分析显示，存在微弱但统计学上可检测的核基因组分化（ΦST = 0.0468, P = 0.0027；FST = 0.0481），然而STRUCTURE和主坐标分析（PCoA）均不支持离散的遗传聚类。在BG与DQ之间未检测到显著的线粒体分化，且优势单倍型为共享状态。Tajima's D在DQ及合并的野外数据集中显著为负，而Fu's Fs不显著，且突然扩张模型未能收敛。综上，这些结果并未为简单的突然扩张情景提供有力支持。基于微卫星的检验未检测到近期瓶颈信号，但推断受到有限位点数和BG小样本量的制约。总体而言，*A. jiangxiensis*尽管分布极度受限，但其核基因组和线粒体标记中仍保留了现有的遗传变异。保护工作应优先考虑流域尺度的栖息地保护、局部遗传组成的维持、人工繁育与放归的谨慎管理，以及长期遗传监测。
**论文解读：江西大鲵（*Andrias jiangxiensis*）的遗传多样性与种群结构研究**
**1. 研究背景与科学问题**
两栖动物是全球受威胁程度最高的脊椎动物类群之一，栖息地丧失与破碎化、过度利用、新发传染病和气候变化等因素持续导致其种群衰退。依赖溪流生境的有尾类尤其脆弱，其扩散常受水系格局、栖息地不连续性和水生环境依赖性的制约。在小而地理隔离的种群中，长期隔离可能加剧遗传漂变、降低遗传变异并增加近交风险，进而威胁种群长期存续。大鲵属（*Andrias*）是现存最大的两栖动物，具有重要的进化独特性。中国大鲵曾长期被视为单一广布种（*Andrias davidianus*），但后续分子与分类学研究揭示了多个深分歧谱系，其中多个已被认定为具有受限地理分布的新种。江西大鲵（*Andrias jiangxiensis*）于2022年正式描述，目前已知仅分布于江西省靖安县北潦河上游的金家溪及邻近支流，已知分布范围约6 km，且下游移动受人工坝限制。2021—2023年的标记重捕调查估计野外个体数约474只（95% CI: 427–534），体长结构显示优势体长组为35–50 cm（占61.14%），而<30 cm个体仅占2.87%，>70 cm个体占1.27%，幼虫后期存活率低，提示补充受限。尽管该物种保护意义重大，但以往研究集中于分类、形态、分布和种群状况，其种群遗传特征仍不清楚。极端的分布区限制是否已导致当代遗传贫乏或空间遗传分化，尚未得到系统评估。因此，研究人员联合运用核微卫星和线粒体标记，首次建立该物种的种群遗传学基线。
**2. 研究内容与主要技术方法**
研究人员在北潦河上游流域的野外样点大崎山（DQ，n=20）、北港（BG，n=9）以及江西大鲵保护繁育中心（YZ，n=20）共采集49份遗传样本（皮肤黏液和尾组织），经质量控制后，48个个体用于微卫星分析（DQ=19，BG=9，YZ=20），47个个体用于线粒体拼接数据集（DQ=18，BG=9，YZ=20）。野外样点DQ和BG代表两个自然采样单元，YZ为保护繁育单元，其建于20世纪80年代，使用北潦河水系本地个体建立，且未直接向DQ或BG放归。研究选取11个多态微卫星位点，以及线粒体COI和Cyt b两个蛋白编码基因。主要技术包括：PCR扩增与双向测序、毛细管电泳基因分型；微卫星数据经Hardy–Weinberg平衡检验、无效等位基因检测；遗传多样性参数（Na、Ae、I、Ho、He、uHe、AR、FIS、PIC）计算；野生数据集AMOVA、成对FST、Jost's Dest、PCoA、PERMANOVA、STRUCTURE贝叶斯聚类；线粒体数据用于单倍型网络、AMOVA、Tajima's D、Fu's Fs、错配分布与突然扩张模型拟合；微卫星数据用于BOTTLENECK软件下的近期瓶颈检验（SMM和TPM模型、Wilcoxon符号秩检验和模式漂移检验）。
**3. 主要研究结果**
**3.1 遗传多样性：微卫星与线粒体标记均显示中等水平**
11个微卫星位点全部具有多态性，平均观察杂合度Ho约0.65，期望杂合度He在三个采样单元间为0.591～0.669，无位点在Bonferroni校正后显著偏离Hardy–Weinberg平衡，且未检测到无效等位基因、大等位基因缺失或溜号误差。等位基因丰富度（AR）经稀化法标准化后为4.364～5.154，FIS均为负值（-0.144～-0.012），未见近交积累信号。保种单元YZ的Na（6.273）、He（0.669）、uHe（0.687）和AR（5.154）最高，BG最低（Na=4.364，He=0.591）。线粒体拼接数据集（1569 bp）共发现10个单倍型、33个分离位点，总体单倍型多样性Hd=0.655，核苷酸多样性π=0.001313；DQ的π最高（0.001679），BG最低（0.000744）。结果显示，尽管分布极度受限，A. jiangxiensis并未表现出严重的当代遗传贫乏。
**3.2 种群分化与结构：核基因组微弱分化，无线粒体分化**
仅基于野生样本（BG与DQ）的微卫星AMOVA显示，4.67%的遗传变异存在于两个采样单元之间，ΦST=0.0468（P=0.0027），Nei's FST=0.0481，Jost's Dest=0.0908，表明存在微弱但统计学上可检测的核分化。然而，STRUCTURE分析中平均LnP(K)在K=1时最高，ΔK仅在K=2时达最大，且K=2时个体祖先系数高度混合；PCoA中BG和DQ个体广泛重叠，尽管PERMANOVA检测到显著采样单元效应（R2=0.0858，P=0.0096），但解释比例低。线粒体AMOVA显示BG与DQ间ΦST=-0.0346（P=0.8026），无显著分化，且两个优势单倍型H1和H2在BG和DQ间共享，其余单倍型无地理聚集。全三单元敏感性分析未改变上述总体格局。结果表明，两个野外单元之间不存在离散遗传群，但存在浅层空间分化。
**3.3 种群历史动态：不支持简单突然扩张，未检测到近期瓶颈**
线粒体中性检验显示，Tajima's D在BG中为负但不显著（D=-0.843，P=0.248），在DQ中显著为负（D=-2.133，P=0.004），合并野生数据集也显著为负（D=-2.318，P=0.001）；而Fu's Fs在BG、DQ和合并数据集中均为正值且不显著。观测错配分布并非严格单峰，Harpending's raggedness index分别为BG=0.329、DQ=0.267、合并=0.277，突然扩张模型对所有野生数据集均未能收敛，因此未提供支持近期突然扩张的证据。微卫星BOTTLENECK检验中，BG和DQ在SMM和TPM模型下均无显著杂合子过剩（P值范围0.1016～0.3652），等位基因频率分布均为L型，无模式漂移，未检测到近期瓶颈信号。但受限于11个位点和BG仅9个个体的样本量，统计检验力有限，无法排除中等或近期有效种群大小下降。
**4. 讨论与结论**
讨论部分指出，A. jiangxiensis在极度受限分布下仍保留中等水平的核遗传变异，其He估计值落在其他大鲵和狭域分布小鲵的报道范围内。YZ保种单元保留较高遗传变异，但应结合其建群者组成和人工管理历史来解读。一致的负FIS提示杂合子略过剩，可能源于抽样方差、非随机繁殖贡献或管理历史，而非系统性的基因分型伪迹。弱但可检测的核分化叠加大量共享核变异，与河流系统内浅层空间分化而非完全随机婚配或离散遗传种群相符；共享线粒体单倍型支持近期共同祖先和/或一定程度的持续交流，但不能直接推断当代基因流。线粒体与核标记的差异可能源于继承方式、有效种群大小、突变速率和性别偏倚扩散的不同。敏感性分析表明，纳入YZ会稀释野生单元间的分化信号，凸显区分保种单元与自然种群的重要性。保护管理上应维持流域尺度的栖息地质量和连通性，保护局部遗传组成，避免在缺乏明确遗传学依据时对BG和DQ进行常规或随意转输，同时应严格管理YZ的繁育和放归，记录建群者来源和放归历史。研究建议采用全基因组标记和时序重复样本进行长期遗传监测。
结论：本研究利用互补的微卫星和线粒体标记，首次建立了江西大鲵（*A. jiangxiensis*）的种群遗传基线。尽管分布极度受限，该物种仍保留了微卫星杂合度（He=0.591–0.669）和线粒体单倍型多样性（Hd=0.655），但线粒体核苷酸多样性较低。两个野外采样单元间存在微弱但可检测的核分化，而STRUCTURE、PCoA和线粒体数据均表明存在大量共享遗传变异，无明显离散种群划分。线粒体人口学分析不支持简单的突然扩张情景，微卫星检验未发现清晰的近期瓶颈信号。总体而言，A. jiangxiensis在其高度受限的分布范围内仍保留了现有核与线粒体遗传变异，同时表现出应在保护管理中予以考虑的精尺度核分化。这一遗传基线支持流域尺度的栖息地保护与连通性维持、局部遗传组成保护、人工繁育与放归的谨慎管理，以及长期遗传监测。
