《Food Microbiology》：Persistence and Epidemiological Relevance of
Salmonella enterica Newport in Public-Access Waters from a Central California Coastal Agricultural Region
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摘要肠炎沙门氏菌纽波特血清型是美国与新鲜农产品相关沙门氏菌病爆发中最常见的血清型之一。本研究检验了2012年至2016年间从沙利纳斯河谷集水区中回收的20株纽波特菌株的遗传多样性和流行病学相关性。多位点序列分型（MLST）鉴定出两个序列型（ST），其中ST118占分离株的70
摘要
肠炎沙门氏菌纽波特血清型是美国与新鲜农产品相关沙门氏菌病爆发中最常见的血清型之一。本研究检验了2012年至2016年间从沙利纳斯河谷集水区中回收的20株纽波特菌株的遗传多样性和流行病学相关性。多位点序列分型（MLST）鉴定出两个序列型（ST），其中ST118占分离株的70%，ST45占剩余部分。核心基因组MLST（cgMLST）解析出12个cgST，其中cgST132506最常见。表型分析揭示了谱系特异性特征，包括cgST132506菌株增强的生物膜形成能力和降低的河水存活率。此外，ST45菌株在哈密瓜瓜皮上的黏附能力显著强于ST118菌株，但在玻璃表面产生的生物膜较少。通过使用病原体检测流程检查鉴定出的单核苷酸多态性（SNP）簇中匹配菌株来评估流行病学相关性。两株被归类为持久型（>500次匹配），六株为中间型（50-500次），十二株为瞬时型（<50次）。持久型和中间型菌株被认为值得关注的菌株（SOCs），它们在基因组上与已知暴发菌株相关，并在全美范围内广泛检测到，包括与2012年哈密瓜相关暴发和2017年西瓜相关暴发相关的菌株。尽管SOCs与瞬时型菌株在哈密瓜瓜皮黏附方面无显著差异，但SOCs表现出更强的河水存活能力，而瞬时型菌株产生的生物膜显著更多。从所检查的两个集水区中分离出多种多样的纽波特菌株，且在三个地点回收了多株SOCs，凸显了针对这些区域污染来源进行定向调查的必要性。
章节摘录
引言
非伤寒肠炎沙门氏菌仍然是细菌性肠道疾病的主要病因之一，据估计每年在美国造成约135万例病例（Scallan Walter等，2025），全球近9400万例病例（Galan-Relano等，2023）。肠炎沙门氏菌通过食物、水或直接接触传播（Beshearse等，2021；Luvsansharav等，2020；Rose等，2025）。尽管超过一百种肠炎沙门氏菌血清型与人类相关
细菌菌株、分离和培养基
本研究使用的肠炎沙门氏菌纽波特菌株列于表1中。环境菌株是从蒙特雷县公共可进入地点的表面水中分离的，此前已有报道（Cooley等，2014；Gorski等，2022）。菌株常规在Luria-Bertani半盐培养基（5 g NaCl/升）（LB）中维护和培养。
基因组测序、注释、基因分型和系统发育分析
使用Wizard基因组DNA纯化试剂盒（Promega A1120）从37°C LB培养基中培养的过夜菌培养物中提取细菌基因组DNA（gDNA）
肠炎沙门氏菌纽波特水菌株的遗传多样性和相关性
20株肠炎沙门氏菌纽波特水菌株于2012年至2016年间从加利福尼亚州沙利纳斯河谷六个集水区采集的水样中分离获得。集水区地点此前已有描述（Gorski等，2022），包括Alisal Creek（A1-A4）、Carr Lake（C1-C5）、Gabilan Creek（G1-G4）和Tembladero Slough（T1-T5）（图1A，右上面板），以及上沙利纳斯集水区（S1-S5和X1）和下沙利纳斯集水区（S6-S9和X2）（图1A，右下面板）。经典MLST
讨论
在沙利纳斯河谷一个500平方英里的农业地区进行的为期5年的调查（2011-2016）中，在多个地点和多个年份共检测到16种肠炎沙门氏菌血清型，纽波特血清型是其中之一（Gorski等，2022）。该地区是农田、河岸走廊和城市区域的混合体，由于来自多个来源的径流，地表水质因地点而异。在本研究监测的六个集水区中，流入来源各不相同，但几个水体是
结论
本研究检验了2012年至2016年间从沙利纳斯河谷六个集水区分离的20株肠炎沙门氏菌纽波特菌株的遗传多样性和流行病学相关性。经典MLST鉴定出两个序列型，其中ST118占分离株的70%，ST45占剩余部分。核心基因组MLST（cgMLST）进一步将菌株解析为12个cgST，其中cgST132506最常见（30%），其次是cgST71475（15%）和cgST284692（10%）。表型检测揭示了几个
CRediT作者贡献声明
MICHELLE CARTER：写作——审阅与编辑，写作——初稿，监督，资源，项目管理，资金获取，形式化分析，概念化。Diana Carychao：写作——审阅与编辑，验证，方法论，形式化分析，数据管理。Lisa Gorski：写作——审阅与编辑，方法论，资金获取，形式化分析，数据管理
利益冲突
作者声明，本研究是在不存在任何可被视为潜在利益冲突的商业或财务关系的情况下进行的。
免责声明
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在稿件准备过程中生成式AI和AI辅助技术的声明
在本作品准备过程中，作者使用了Microsoft 365 Copilot来提高英语的清晰度。在Copilot编辑之后，作者根据需要审阅和修改了内容，并对已发表文章的内容承担全部责任。
利益冲突声明
? 作者声明，他们没有已知的 competing 财务利益或个人关系，这些关系可能影响本论文中报告的工作。
致谢
本工作由美国农业部农业研究局CRIS项目2030-42000-052-000D支持。
Michelle Qiu Carter|Diana Carychao|Lisa Gorski
美国农业部，农业研究局，西区研究中心，农产品安全与微生物研究组，加利福尼亚州奥尔巴尼，美国
