基于PacBio HiFi测序的戈壁盘羊（Ovis ammon darwini）染色体水平参考基因组组装

《Scientific Data》：Chromosome-level genome assembly and annotation of the Gobi argali (Ovis ammon darwini)

摘要

盘羊（Ovis ammon）是家羊的重要野生近缘种，也是中亚和青藏高原高山生态系统中的重要有蹄类物种。尽管已有多个盘羊谱系的染色体水平基因组，但专门代表戈壁盘羊（O. a. darwini）的染色体水平参考基因组目前尚不可用。这种针对特定亚种的参考基因组对于未来对具有地理分化的盘羊谱系进行比较基因组学、群体遗传学和保护研究具有重要价值。在本研究中，我们利用PacBio HiFi长读长测序、Hi-C染色质构象捕获和全长转录组数据，构建了Ovis ammon darwini的高质量染色体水平基因组组装。该组装总大小为3.05 Gb，contig N50为81.89 Mb，包含29条定位至染色体的序列，其中包括27条常染色体、X染色体和一个假定的部分Y染色体序列。基因组完整性评估显示，BUSCO完整性为98.5%，质量值（QV）为58.12，表明该组装具有高度的连续性和准确性。在结构和功能注释中，共鉴定出20,074个蛋白质编码基因，重复序列约占基因组的49.66%。本研究提供了Ovis ammon darwini的高质量染色体水平基因组，为Ovis ammon的比较基因组学、群体遗传学和保护生物学研究提供了重要的数据资源。