基于物种丰富度估计方法评估单细胞谱系数据集完整性的统计框架

《Nature Communications》：Estimating the completeness of large-scale single-cell sequencing projects

摘要

在胚胎发育过程中，细胞会分化为高度特化的细胞类型。借助单细胞RNA测序技术，许多研究项目和大量资源正在根据转录组特征对这些分化后的细胞类型进行编目。尽管在描绘各种器官及其细胞组成方面已有大量努力，但我们仍然缺乏评估测序项目完整性的指标。在本项细胞多样性分析中，我们利用日益丰富的单细胞数据以及最初为评估生态群落物种丰富度而开发的统计方法，基于当前单细胞谱系技术的现有数据，估算数据集的完整性。基于此类细胞丰富度估算，我们建立了一个实用的统计框架，能够对任何大规模单细胞谱系项目的完整性进行可靠评估——在此评估之后，额外的测序工作将不再发现新的细胞簇。此类估算可作为当前测序项目的停止点，从而指导以更低的成本高效完成各种人体组织的谱系分析。