胸腺癌单细胞染色质可及性图谱的构建及其肿瘤亚群的初步解析

《Communications Biology》：Single-cell chromatin maps of thymic carcinoma reveal a conserved malignant state and its immunosuppressive dependencies

摘要

胸腺癌是一种罕见且具有侵袭性的恶性肿瘤，治疗手段有限。尽管近期的单细胞转录组研究已开始揭示其细胞组成，但其调控图谱仍然缺乏充分表征。我们提供了一个单细胞染色质可及性资源，包含来自三例肿瘤和两份邻近正常组织的26,661个高质量细胞核，其中包含已注释的恶性细胞和免疫细胞群体、按细胞类型解析的峰值区域以及基因活性估计值。为展示该资源的实用性，探索性分析在三例肿瘤中均识别出一种反复出现的肿瘤亚群T3，该亚群在治疗相关位点表现出共有的可及性特征，包括KIT、FGFR3和SYK，并推测其调控程序涉及ELF2、BCLAF1、PBX3、IKZF1、NFKB1、TFDP2和POU2AF1，同时伴随耗竭相关CD8? T细胞和M2型巨噬细胞的染色质程序。鉴于队列规模有限，这些观察结果属于描述性和假设生成性质。该资源为未来对胸腺癌的功能与转化研究奠定了基础。