《Cell Reports Medicine》：Prognostic value of cfDNA methylation in locally advanced esophageal squamous cell cancer treated with neoadjuvant immunochemoradiotherapy
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研究人员前瞻性评估了纵向cfDNA甲基化是否可预测70例接受新辅助免疫化疗放疗（neoadjuvant immunochemoradiotherapy）的食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma，ESCC）患者的病理
研究人员前瞻性评估了纵向cfDNA甲基化是否可预测70例接受新辅助免疫化疗放疗（neoadjuvant immunochemoradiotherapy）的食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma，ESCC）患者的病理完全缓解（pathological complete response，pCR）和生存。研究在四个时间点采集系列血浆样本（n = 183）：新辅助治疗前（pre-neoadjuvant treatment，pre-NAT）、新辅助治疗后（post-NAT）、手术前（pre-surgery）和手术后（post-surgery）。研究人员进行了靶向全基因组cfDNA甲基化测序，并计算癌症检测（cancer detection，CD）值，阳性定义为CD ≥ 0.7。CD阳性率从新辅助治疗前的74%下降至新辅助治疗后的31%（p < 0.001）。手术前CD阳性率在非pCR患者中显著高于pCR患者（33% vs. 0%；p = 0.028）。结合新辅助治疗后CD值及临床因素的模型预测pCR的曲线下面积（area under the curve，AUC）为0.764。新辅助治疗后CD阴性患者的无病生存期（disease-free survival，DFS）显著改善（风险比[hazard ratio，HR] = 0.33；p = 0.035）。研究结果在扩大的30例患者队列中得到重复验证。动态cfDNA甲基化监测与pCR及DFS相关，有必要在更大队列中进一步验证。
食管癌（esophageal cancer，EC）是全球第七大癌症相关死亡原因，在中国2024年则为第三大癌症相关死亡原因。食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma，ESCC）占中国食管癌病例的90%以上。对于局部晚期可切除ESCC，新辅助放化疗（neoadjuvant chemoradiotherapy，nCRT）联合手术是标准治疗，但超过40%的患者在5年内出现复发或死亡，10年总体生存率仅为38%。免疫治疗联合nCRT，即新辅助免疫化疗放疗（neoadjuvant immunochemoradiotherapy，nICRT），在临床研究中显示出较高的病理完全缓解（pathological complete response，pCR）率，但仍有部分患者存在原发耐药或早期复发，且缺乏可靠的预测性生物标志物。因此，亟需识别敏感且动态的预测性生物标志物，以优化患者选择和临床获益。
这项研究由中山大学肿瘤防治中心的研究人员开展，前瞻性评估了cfDNA甲基化纵向变化对接受nICRT的ESCC患者pCR和生存的预测价值。共纳入70例主要队列患者，在四个时间点采集183份血浆样本，并通过靶向全基因组cfDNA甲基化测序计算癌症检测（cancer detection，CD）值。研究结果显示，动态cfDNA甲基化监测与pCR及无病生存期（disease-free survival，DFS）相关，并在30例扩展队列中验证了治疗后CD信号的显著下降。论文发表于《Cell Reports Medicine》。
研究人员采用的主要技术方法包括：基于靶向全基因组甲基化测序（genome-wide methylation sequencing，GM-seq）的INSPECTOR捕获panel，覆盖155,362个CpG位点（2.0 Mb），结合多癌早期检测（multi-cancer early detection，MCED）算法计算CD值。样本来自Sun Yat-sen University Cancer Center，包括70例主要队列和30例扩展队列（来自NEOCRTEC1901和NEOCRTEC2101临床试验）。在四个时间点（新辅助治疗前、新辅助治疗后、手术前、手术后）采集血浆cfDNA。通过hTET酶氧化5-甲基胞嘧啶以减少DNA降解，测序深度中位数达1174×。CD阳性阈值为0.7。统计使用LASSO回归、逻辑回归、Cox比例风险模型等。
### 患者特征与治疗结局
70例患者中，中位年龄60岁，男性占78.6%，91.4%为临床III–IV期。经过nICRT和手术后，36例（51.4%）达到pCR。中位随访24.3个月，2年OS率为86.24%，2年DFS率为81.36%。基线CD阳性组与阴性组的临床病理特征无显著差异。
### 四个时间点CD状态的动态变化及其与pCR的相关性
整体CD阳性率从治疗前的74.3%降至新辅助治疗后的31.1%，手术前进一步降至14.8%，手术后回升至32.0%。在手术前时间点，非pCR患者的CD阳性率显著高于pCR患者（33.3% vs. 0%，p=0.028）。阳性转阴主要发生在治疗期间（85.3%），而阴性转阳在pCR组仅见于手术后，在非pCR组出现较早。
### pCR与非pCR组四个时间点CD值的动态变化
全队列CD值在四个时间点差异显著（p<0.001），主要由基线下降驱动。配对亚组分析显示，非pCR组在手术前等待期间CD值显著回升（p=0.032），而pCR组持续下降。
### 预测pCR模型的开发
研究人员利用LASSO逻辑回归整合临床特征和CD值。基于新辅助治疗后CD值、体质指数（BMI）、肿瘤分化和肿瘤位置的模型，预测pCR的AUC为0.764。另一个纳入肿瘤特异性甲基化标志物（TCEA3、OSR2、ULBP1）的模型AUC达到0.851，但两者均为初步结果，需外部验证。
### CD动态对生存的预后价值
新辅助治疗后CD阴性的患者与CD阳性者相比，DFS显著延长（HR=0.33，p=0.035）。手术前和手术后CD阳性状态也与较差的DFS和总生存期（OS）相关。
### 扩展探索队列中的发现
30例扩展队列验证了治疗期间CD信号的显著下降：基线CD阳性率80.0%，新辅助治疗后降至3.3%，其中95.8%的基线阳性患者在治疗后转为阴性。非pCR组手术前CD阳性率高于pCR组（22.2% vs. 0%），但未达显著性。
讨论部分指出，基线cfDNA甲基化可能反映肿瘤负荷，但不足以预测pCR，纵向监测更为重要。治疗期间CD阳性转为阴性与良好反应相关；阴性转阳可能反映治疗抵抗或循环DNA组成改变。手术后CD回升需结合手术创伤影响解释。所构建的预测模型是初步的，存在单中心、样本量有限等局限。结论：这项前瞻性研究表明，动态监测cfDNA甲基化（以CD值和阳性状态反映）与接受nICRT的ESCC患者的pCR和生存呈负相关。治疗相关CD信号的显著下降在扩展队列中重现，但需要更大规模的独立研究来验证预测模型，以在免疫治疗时代优化精准治疗策略。
