长读长测序在短读长测序未确诊罕见病中的解救诊断：基于系统文献检索与Meta分析的综合评估

《Human Genomics》：Diagnostic yield of long-read sequencing in short-read-negative patients: a systematic review and meta-analysis

**摘要****背景**长读长测序（LRS）越来越多地用于短读长测序（SRS）未能确诊的罕见病患者，但其额外诊断产出尚未在个体患者层面或跨靶向和全基因组层面进行综合评估，且驱动额外诊断的表型和解救机制仍有待充分阐明。**方法**我们通过PubMed、Scopus、Web of Science、EMBASE和Google Scholar的系统文献检索（截至2025年10月31日）评估LRS在各罕见病中的贡献，纳入对SRS未确诊的单基因罕见病患者应用LRS的研究。研究分为全基因组队列研究（第一层级）、靶向研究（第二层级）和病例报告/系列（第三层级），对第一层级研究进行随机效应Meta分析并预设亚组分析。患者表型以人类表型本体（HPO）术语编码，并进行层次化聚合，以检验特定表型与解救诊断的关联。**结果**11项第一层级研究（538例患者）中，合并确定性诊断和可能诊断的汇总解救率为16.4%（95% CI：6.9–29.0%）；仅计算确定性解救时，汇总产率为12.0%（95% CI：3.3–25.3%）。15项第二层级靶向研究（165例SRS阴性患者）中，解救率为37.6%，在*MUC1*相关常染色体显性肾性透明细胞癌（ADTKD）中达100%（12/12）和Canavan病中达100%（2/2 SRS阴性和8/8第二次命中病例），但在NF1中仅为3.9%（2/51）。119例第二次命中病例（第一层级+第二层级）中，34.5%获得解救。主要Meta分析队列中SRS阴性患者，随先前检测深入程度增加，产率下降（仅ES 23.5% vs ES+GS 6.8%）。结构变异占全基因组解救的约49%，但约29%的解救反映的是重新分析结果而非LRS特有能力的发现。探索性表型分析显示，痉挛、小头畸形和智力障碍是与解救关联最强的表型之一，该信号在神经系统病例中持续存在。**结论**LRS主要通过结构变异检测，为SRS未确诊的罕见病患者提供了有意义的解救诊断。重新评估现有SRS数据并在外显子组测序（ES）阴性后优先安排患者，可优化诊断产出；基于表型的优先排序是一个有前景的方向，有待前瞻性评估。**图形摘要**