摘要
**背景：**蛋白形式是驱动生物过程的关键功能物种。然而，传统的蛋白质基因组学（"鸟枪法"）分析通过整体蛋白消化丢弃了相关的蛋白形式水平信息。本研究提出了一项证明原理的整合性自上而下蛋白质组学工作流程，旨在鉴定和表征整个蛋白质组范围内的蛋白形式。**方法：**该工作流程结合了二维电泳、用于可重复凝胶切片的自定义网格切割模板、凝胶内消化、液相色谱-串联质谱和开放搜索算法。凝胶网格位置、等电点和分子量与质谱结果整合以进一步表征已鉴定的蛋白形式。**结果：**该方法能够鉴定出广泛范围的蛋白形式及其固有的翻译后修饰，包括磷酸化、乙酰化、甲基化和糖基化。值得注意的是，在重复二维凝胶的视觉"空白区域"中鉴定出了大量蛋白形式。这消除了仅评估视觉上可检测蛋白质斑点的偏差，并大幅扩展了蛋白质组水平的蛋白形式检测和表征。**结论：**该整合工作流程提供了一种可重复且全面的策略，以应对蛋白质组在蛋白形式水平上通常被忽视的复杂性。通过将分析扩展到视觉可检测凝胶斑点之外，它实现了对蛋白形式多样性及相关翻译后修饰的更深入表征。
