产气荚膜梭菌属(Peptoniphilus)临床菌株多方法再鉴定:常规方法低估新描述种P. genitalis,全基因组测序联合ANI分析应作为确认手段

《Pathogens》:Whole-Genome Sequencing Re-Identifies Clinical “Peptoniphilus harei” Isolates as “Peptoniphilus genitalis”

【字体: 大 中 小 】 时间:2026年10月10日 来源:Pathogens 3.8

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   摘要

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属内物种水平的准确鉴定极具挑战性,而常规方法(包括生化鉴定、MALDI-TOF MS 和 16S rRNA 基因测序)尚未经过系统评估。我们采用 VITEK-2 ANC、两种 MALDI-TOF MS 平台(Autof ms1000 和 Bruker Biotyper)、16S rRNA 基因测序以及全基因组测序(WGS)联合平均核苷酸一致性(ANI)分析,对 2019 至 2025 年间从血液、卵巢脓肿、糖尿病足及皮肤软组织中分离的七株临床菌株进行了重新鉴定。VITEK-2 将全部七株鉴定为P. asaccharolyticus;两种 MALDI-TOF MS 平台均以高置信度将全部菌株鉴定为P. harei(Autof ms1000 评分 9.299–9.638;Bruker Biotyper 评分 2.008–2.227);16S rRNA 测序无法可靠地区分P. vaginalis(98.60–99.23%)和P. harei(98.03–98.31%),因为两者的同源性范围均接近 98.65% 的种水平阈值,且均未持续超过该阈值。WGS/ANI 分析将全部七株鉴定为P. genitalis(与参考基因组的 ANI 为 96.44–97.05%)。所有临床菌株对 β-内酰胺类和万古霉素均保持敏感。克林霉素耐药较常见(6/7),红霉素表现出一致的耐药模式;氟喹诺酮类在 5/7 株中显示较小的抑菌圈。然而,红霉素和氟喹诺酮类缺乏方法适用的折点,无法进行正式分类。P. genitalis 的临床分布并不受其名称的限制;常规方法低估了这种新近描述的物种,当鉴定结果与表型观察不一致时,WGS/ANI 应作为确认方法。

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