《International Journal of Women's Health》：Molecular Characterization of Listeria monocytogenes Associated with Adverse Pregnancy Outcomes in Iraq with Whole-Genome Analysis of a Representative Isolate
编辑推荐：
摘要专业翻译
背景： 妊娠相关李斯特菌病可导致严重的胎儿和产科并发症，但伊拉克的分子流行病学数据仍然有限。本研究将临床和流行病学数据与基于PCR的单核细胞增生李斯特菌（Listeria monocytogenes）分离株毒力谱分析以及一株代表性临床分离株的全基
摘要专业翻译
背景： 妊娠相关李斯特菌病可导致严重的胎儿和产科并发症，但伊拉克的分子流行病学数据仍然有限。本研究将临床和流行病学数据与基于PCR的单核细胞增生李斯特菌（Listeria monocytogenes）分离株毒力谱分析以及一株代表性临床分离株的全基因组测序（whole-genome sequencing, WGS）相结合。
方法： 在这项前瞻性横断面研究中，研究人员纳入了150名发生自然流产、死产/宫内胎儿死亡或早产的孕妇。通过培养、生化检测、16S rRNA PCR以及hlyA、actA、inlA和inlB的PCR筛查对单核细胞增生李斯特菌分离株进行鉴定。一株代表性分离株（A125-2）在BGISEQ-500平台上进行了全基因组测序，用于序列分型、毒力和抗菌药物耐药基因谱分析以及系统基因组学定位。
结果： 从150名参与者中的18名（12.0%；95% CI，7.3–18.1%）中分离出单核细胞增生李斯特菌，其中自然流产病例的阳性率最高（14.3%）。PCR检测在所有18株分离株中均检出hlyA、actA和inlA，在18株中的12株（66.7%）中检出inlB。测序的代表性分离株A125-2被归为序列1型（Sequence Type 1, ST1）和克隆复合体1型（Clonal Complex 1, CC1），并携带LIPI-1、LIPI-3、多个内化素（internalin）基因、应激反应决定因子以及若干抗菌药物耐药相关基因。尽管PCR结果存在差异，WGS仍在A125-2中检测到inlB。描述性分析显示，28.7%的参与者报告曾接触未巴氏消毒乳制品，61.1%的单核细胞增生李斯特菌阳性病例发生在冬季。
结论： 临床和PCR结果支持单核细胞增生李斯特菌与该伊拉克队列中不良妊娠结局之间的关联。一株代表性分离株的基因组特征分析表明其具有ST1/CC1背景，携带多种毒力和应激适应决定因子，并展示了WGS在调查PCR差异方面的额外分辨率。由于仅对一株分离株进行了WGS，基因组学发现应被解读为分离株特异性结果，而非伊拉克单核细胞增生李斯特菌菌株的人群水平证据。有必要开展更广泛的多种分离株基因组监测。
论文解读文章
一、研究背景与研究意义
单核细胞增生李斯特菌（Listeria monocytogenes）是一种兼性胞内病原菌，对母婴健康构成严重但常被低估的全球性威胁。妊娠期女性对李斯特菌病的易感性较普通人群高出10至100倍。该革兰氏阳性菌具有显著的环境适应能力，可在低至-0.4°C、高至45°C的温度范围内生长，并能耐受4.6–9.5的pH范围，这些特性使其能够在食品生产环境中持续存在并通过受污染产品传播。尽管母体李斯特菌病常表现为轻微、非特异性甚至无症状感染，但该病原体穿越血脑屏障和胎盘屏障的独特能力可导致自然流产、死产和早产等严重后果。
李斯特菌的分子致病机制涉及复杂的毒力系统，包括由hlyA编码的李斯特菌溶血素O（listeriolysin O）、介导肌动蛋白运动的ActA蛋白，以及分别介导上皮和胎盘侵袭的内化素A和B（inlA、inlB）。近年来的基因组研究表明，某些谱系（特别是谱系I）与侵袭性感染密切相关，其中ST1和CC1等特定基因型携带丰富的毒力和应激耐受基因，增强了在人类宿主中的侵袭能力。
然而，妊娠相关李斯特菌病的全球负担存在显著地域差异，而伊拉克的全面流行病学和基因组数据仍然匮乏。伊拉克的研究已在食品和临床或混合来源样本中记录到李斯特菌，但将妊娠相关疾病与分子分型系统关联起来的监测数据十分有限。这一空白具有现实意义，因为未巴氏消毒乳制品及其他高风险食品的暴露可能受当地生产、储存和食品处理实践的影响。全基因组测序（WGS）能够对细菌基因组进行高分辨率表征，包括毒力决定因子、应激适应位点、抗菌药物耐药相关基因和系统发育关系，为深入理解该病原体提供了有力工具。
二、研究设计与技术方法
研究人员在2024年12月至2025年4月期间，于伊拉克多所教学医院开展了一项前瞻性横断面分子流行病学研究，共纳入150名发生不良妊娠结局的孕妇（平均年龄28.4±6.2岁），包括自然流产（n=63，42%）、宫内死亡/死产（n=45，30%）和早产（n=42，28%）。排除标准为标本采集前两周内接受过抗生素治疗，以及已确定非微生物病因（如重大胎儿先天畸形或已诊断的母体激素失衡）的病例。
研究采用的主要关键技术方法包括：胎盘组织和宫颈深部拭子的冷增菌培养方案（TSBYE 4°C孵育7天，半Fraser肉汤30°C选择性增菌48小时，PALCAM琼脂和哥伦比亚血琼脂传代培养）；基于16S rRNA PCR和毒力基因（hlyA、actA、inlA、inlB）PCR筛查的分子鉴定；以及一株代表性分离株A125-2在BGISEQ-500平台上的全基因组测序，测序覆盖度约200×。生物信息学分析包括：使用SPAdes和Unicycler进行基因组组装（最终组装约2.96 Mb，N50为556,666 bp，GC含量37.88%）；使用Prokka进行基因注释；通过PubMLST和Institut Pasteur数据库进行核糖体多位点序列分型（rMLST）和传统多位点序列分型（MLST）；使用ABRicate分别针对VFDB和CARD数据库进行毒力基因和抗菌药物耐药（AMR）基因筛查；使用MobileElementFinder和MobileOG-db鉴定应激生存岛（SSI）和移动遗传元件；使用CRISPRCasFinder进行CRISPR-Cas分析；以单核细胞增生李斯特菌EGD-e染色体（RefSeq NC_003210.1）为参考进行基于参考序列的变异分析和核心基因组SNP系统发育分析；使用MEGA X进行16S rRNA最大似然系统发育重建（1000次自举重复）；使用SPSS 24.0进行统计分析。
三、研究结果
研究人群特征与单核细胞增生李斯特菌流行率： 在150名参与者中，从18份标本中分离出单核细胞增生李斯特菌（12.0%，95% CI：7.3–18.1%）。自然流产病例中阳性率最高（14.3%，p=0.042），其次为早产（11.9%）和死产（8.9%）。
微生物学与PCR毒力谱分析： 所有18株分离株均通过PALCAM琼脂形态学特征、生化试验（革兰氏阳性、过氧化氢酶阳性、翻滚运动）和16S rRNA PCR（100%一致性）确认。PCR筛查显示核心毒力基因hlyA、actA和inlA在全部18株分离株中均存在（100%），但inlB仅在18株中的12株（66.7%）中检出。16S rRNA基因序列分析（760 bp）显示高度保守性（98.2–100%一致性），伊拉克分离株被分为三个不同聚类（A、B和C簇），其中A簇最为常见，包含11株与中国和法国全球菌株100%一致的分离株。
全基因组测序与高分辨率分型： 代表性分离株A125-2的WGS分析将其归为核糖体ST 15,959和ST1/CC1。基因组注释显示约2.96 Mb的基因组，功能分类鉴定了与复制/修复和噬菌体相关功能有关的特征。
系统基因组学分析： 核心基因组SNP系统发育分析将A125-2置于全球分布的ST1/CC1进化支内，与选定的国际ST1比较基因组之间的遗传距离较短，与该谱系的全球分布和基因组保守性一致。
扩展毒力组、应激生存和AMR基因： WGS确认A125-2携带完整的LIPI-1和LIPI-3（李斯特菌溶血素S）基因簇，检测到多个内化素基因（包括inlA和inlB）以及应激反应决定因子。AMR基因分析检出fosX（100%一致性，磷霉素耐药）、mprF（99.4%，防御素耐药相关）、norB（99.1%，氟喹诺酮外排泵）和lin基因（97.9%，林可酰胺类灭活）。
CRISPR-噬菌体互作与流行病学风险因素： 代表性分离株中鉴定出II-A型Cas相关位点，但未检测到针对李斯特菌噬菌体vB_Lmo_2389_typeII（GenBank PP453647.1）的间隔序列匹配。在150名参与者中，43人（28.7%）报告接触未巴氏消毒乳制品；18例阳性病例中11例（61.1%）发生在冬季（12月至2月），7例（38.9%）发生在其余月份。阳性病例从症状出现到妊娠丢失的平均间隔为8.3天，阴性病例为14.2天。
四、讨论与结论
研究结果显示，在不良妊娠结局队列中12.0%的李斯特菌阳性率支持李斯特菌病在该队列中的临床相关性。自然流产病例中检出率最高（14.3%），与将单核细胞增生李斯特菌感染与妊娠早期和中期并发症相关联的流行病学发现一致。关于季节性分布，61.1%的阳性病例发生在冬季，这与既往中国西安（75%病例发生在春夏季）和北京（83.3%发生在夏秋季）的研究报道不同，可能反映地理、气候、饮食或食品储存差异，但样本量较小（n=18）限制了关于季节性的结论。
WGS在解释PCR/WGS差异方面提供了重要价值：尽管常规PCR仅在18株中的12株中扩增出inlB，测序的代表性分离株A125-2经WGS确认含有inlB，支持引物结合位点变异或测定水平序列差异是PCR阴性结果的合理解释。基因组分型将A125-2归为ST1/CC1，这是侵袭性人类李斯特菌病中广泛报道的谱系I相关基因型；LIPI-3的存在和广泛的内化素库进一步支持该测序分离株具有显著毒力潜力。AMR相关基因的基因型检测并不必然预示临床耐药性，需要表型药敏试验和适当的判读标准加以确认。
研究的主要局限性在于仅对18株分离株中的1株进行了WGS，因此ST1/CC1分型、LIPI-3携带、详细毒力组、AMR相关基因和核心基因组SNP关系不能推广至全部分离株或伊拉克单核细胞增生李斯特菌群体。此外，研究在有限地理区域开展，部分结果亚组样本量较小，降低了统计效力。
研究结论： 在这项包含150名不良妊娠结局女性的队列中，18名参与者（12.0%）检出单核细胞增生李斯特菌，其中自然流产病例阳性率最高。PCR显示hlyA、actA和inlA广泛检出，而inlB在18株中的12株中检出。一株代表性分离株A125-2的WGS将其归为ST1/CC1，并鉴定出LIPI-1、LIPI-3、多个内化素、应激反应决定因子和AMR相关基因。WGS还在A125-2中检测到inlB，尽管PCR结果存在差异，展示了序列水平分析在调查检测不一致中的价值。这些基因组发现仅针对A125-2，不应外推至所有伊拉克或地区性分离株。流行病学发现支持加强食品安全教育，特别是关于未巴氏消毒乳制品的教育，同时需要更广泛的多种分离株基因组监测以确定流行谱系和传播模式。
